DNA‐nuclear protein interactions around‐224 A/G Single Nucleotide Polymorphism in the Neuropeptide Receptor Y2 ( <i>NPY2R</i> ) Gene in Predisposition to Hypertension
Notice bibliographique
Résumé
Hypertension (HTN), is an important risk factor for cardiovascular and kidney diseases. Multiple genes as well as environmental and lifestyle factors influence the risk of developing high blood pressure. Previous work in animal models and human populations identified Neuropeptide Y receptor 2 ( NPY2R ) as a candidate gene for HTN. In two independent Japanese populations, the GG genotype single nucleotide polymorphism (SNP) located 224 bp upstream of the transcription start site was associated with an increased risk of HTN. The aim of this study was to assess the DNA‐nuclear protein interactions surrounding the NPY2R ‐224 A/G SNP. Two versions of double stranded oligonucleotide probes (50bp) corresponding to the sequence flanking NPY2R ‐224A/G were synthesized and incubated with different amounts nuclear extracts for an electrophoretic shift assay (EMSA). In addition, we used CTCF antibody for a gel supershift assay. The DNA/protein reactions were loaded on a 4% non‐denaturing polyacrylamide gel. Interestingly, the EMSA showed an allele‐specific binding with the oligonucleotide containing an A nucleotide in ‐224 position. However, the oligonucleotide containing the G nucleotide in ‐224 position shows no DNA/nuclear protein interaction. Also, we were able to detect a supershift using the CTCF antibody. The data provides strong evidence for a functional role of NPY2R in genetic predisposition to HTN.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».