Detection of <i>Xanthomonas translucens</i> pv. <i>undulosa</i> from wheat by quantitative PCR
Notice bibliographique
Résumé
Abstract A probe-based quantitative PCR (qPCR) protocol was developed for detection and evaluation of the wheat bacterial leaf streak pathogen Xanthomonas translucens pv. undulosa (Xtu). The protocol can also detect X. translucens pv. translucens (Xtt), but can’t differentiate the two pathovars. When tested on DNA from plant, non-target bacteria and culture of microorganisms from wheat seeds, the qPCR showed a high specificity. On purified Xtu DNA, the qPCR was more sensitive than a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay. When DNA samples from a set of serial dilutions of Xtu cells were tested, the qPCR method could repeatedly generate quantification cycle (Cq) values from the dilutions containing ≥1,000 cells. Since 2 µL of the total of 50 µL DNA was used in one reaction, one qPCR reaction could detect the presence of the bacteria in samples containing as few as 40 bacterial cells. The qPCR could detect the bacteria from both infected seed and leaf tissues. For seed testing, a protocol for template preparation was standardized, which allowed one qPCR reaction to test DNA from the surface of one seed. Thus, the qPCR system could theoretically detect Xtu and/or Xtt in samples where the bacteria had an average concentration ≥40 cells per seed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».