In vitro functional analysis of novel single nucleotide polymorphisms in OATP1B1
Notice bibliographique
Résumé
The goal of our study is to functionally characterize six nonsynonymous single nucleotide polymorphisms (SNPs) in human organic anion transporting polypeptide 1B1 (OATP1B1) using in vitro transporter expression technologies. We hypothesize these SNPs will result in a decrease in transport activity compared to wild‐type. OATP1B1 cDNA packaged in pEF6/V5‐His TOPO was used as template, and 6 SNPs — 298G>;A (rs144508550), 419C>;T (rs147450830), 463C>;A (rs11045819), 1007C>;G (rs72559747), 1463G>;C (rs59502379), and 1738C>;T (rs71581941) — were introduced separately to wild‐type templates using QuikChange site‐directed mutagenesis. OATP1B1 variant cDNAs will then be transferred to pAd/CMV/V5‐DEST Gateway vector for further propagation as OATP1B1 variants expressed in adenovirus. We will determine the optimal titre of the OATP1B1‐ variant adenovirus for transporter expression using a monolayer cell lines such as HeLa. Subsequently, we will use prototypical substrates of OATP1B1 such as rosuvastatin to determine the relative affinity (K m ) and capacity (V max ) for uptake, followed by quantification of relative cell surface trafficking. Identification of new functional SNPs in OATP1B1 will give us further insights to genetic heterogeneity in OATP1B1 as a contributor to inter‐subject variation in response to OATP1B1 substrate drug therapy. Research is funded by the Canadian Institute for Health Research.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».