Complementary detection of genomic alterations in metastatic castration-resistant prostate cancer (mCRPC) from CheckMate 9KD through analyses of tumor tissue and plasma DNA.
Notice bibliographique
Résumé
5038 Background: Accurate analysis of the genomic alteration landscape within tissue- and plasma-derived tumor DNA using next-generation sequencing (NGS) may provide insights into specific patient populations that benefit from different therapies. The interchangeable use of tissue- and plasma-based assessments may benefit patients when tissue availability is limited, a common occurrence in individuals with mCRPC. To understand the potential sources of technical and biological variability in this setting, we performed comprehensive comparative analyses across 3 NGS platforms, using samples from patients enrolled in CheckMate 9KD, a phase 2 study of nivolumab combined with docetaxel, rucaparib, or enzalutamide for patients with confirmed mCRPC (NCT03338790). Methods: We performed retrospective integrated analyses of sequence and structural alterations identified through comprehensive genomic profiling (CGP) of DNA obtained from formalin-fixed, paraffin-embedded tissue specimens and cell-free DNA obtained from plasma. Tissue-based analysis was performed using the FoundationOne assay (F1, 395 genes), while the FoundationACT (FACT, 70 genes) and GuardantOMNI (OMNI, 500 genes) assays were used for plasma-based analysis. Analysis was performed on samples from 103 patients for which datasets from all 3 assays were available. Inter-platform analysis considered variants with ≥ 0.50% variant allele fraction and common to the shared pairwise targeted regions, while excluding synonymous variants. Results: Through broad profiling of DNA obtained from tissue and plasma, we uncovered previously identified recurrent alteration of AR, TP53, PTEN, and TMPRSS2 fusion with ETS genes. Additionally, we found that 42% (F1), 45% (FACT), and 34% (OMNI) of patients harbored a combination of germline and somatic mutations in homologous recombination repair pathway genes. Across all samples, median tumor mutational burden was 3.5 mutations per megabase (mut/Mb) by F1 and 8.6 mut/Mb by OMNI. Inter-platform variant analyses demonstrated concordance of 52% for F1 vs FACT, 40% for F1 vs OMNI, and 75% for FACT vs OMNI. Conclusions: Overall, these data demonstrate the value of integrated tissue and liquid biopsy profiling in mCRPC. Both technical and biological sources of variation, including panel size, mutation detection algorithms, variant annotation and reporting, analytical performance, circulating tumor DNA levels, and tumor heterogeneity, may be captured differently by tissue- and plasma-based techniques, accounting for the discordance in reported results. Clinical trial information: NCT03338790.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».