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Enregistrement W3168815929 · doi:10.1096/fasebj.2021.35.s1.03778

Systems‐Based Analysis of the Pancreatic Cancer‐Specific Glycome Reveals ST6GAL1 as a Driver of Human and Murine Disease

2021· article· en· W3168815929 sur OpenAlexafffund
Shuhui Chen, Emma Kurz, Emily Vucic, Gillian Baptiste, Cynthia A. Loomis, Cristina Hajdu, Praveen Agarwal, Dafna Bar Sagi, Lara K. Mahal

Notice bibliographique

RevueThe FASEB Journal · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGlycosylation and Glycoproteins Research
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthCanada Excellence Research Chairs, Government of CanadaU.S. Department of Defense
Mots-clésGlycomePancreatic cancerGlycanSialic acidCancer researchBiologyPancreasCancerDiseasePathologyMedicineGlycoproteinMolecular biologyBiochemistryGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDA) is the 3 rd leading cause of cancer‐death in the U.S.. Glycans, such as CA‐19‐9, are biomarkers of PDA, but their roles in PDA biology are unclear. Herein, we utilized lectin microarray technology to compare the glycomes of human and murine PDA. We observed common aberrant patterns of glycosylation across both species, including increased levels of α‐2,3‐ and α‐2,6‐sialic acids, bisecting GlcNAc and poly‐LacNAc. Using single cell sequencing and histological data, we identified ST6GAL1, which underlies α‐2,6‐sialic acid, as a potential driver in human PDA. We created a novel mouse in which a pancreas‐specific genetic deletion of ST6GAL1 overlays the well‐established KC mouse model. Analysis of our model showed delayed cancer formation and a significant reduction in fibrosis. Our results highlight the utility of the KC model as an accurate reflection of human disease and identify ST6GAL1 as a key driver of pancreatic cancer initiation and progression.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,295
Écart entre enseignants0,276 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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