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Enregistrement W3169091023 · doi:10.1093/ecco-jcc/jjab076.324

P198 Practical deep learning tool for the scoring of ulcerative colitis disease activity in central reading

2021· article· en· W3169091023 sur OpenAlexaff
Michelle L. Byrne, JE East, Marietta Iacucci, Simon Travis, Rakesh Kalapala, NR Duvvur, Hardik Rughwani, Anita Singh, Sameer Berry, R Monsurate, Florian Soudan, G Laage, ED Cremonese, L Canaran, L St-Denis, Shima Nikfal, J Asselin, M Henkel, Remo Panaccione

Notice bibliographique

RevueJournal of Crohn s and Colitis · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueRadiomics and Machine Learning in Medical Imaging
Établissements canadiensUniversity of CalgaryUniversity of British ColumbiaVancouver General Hospital
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésComputer scienceMetadataReading (process)SoftwareArtificial intelligenceUlcerative colitisInterface (matter)F1 scoreMachine learningInformation retrievalWorld Wide WebMedicineDiseaseInternal medicineOperating system

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Background Central Reading Org.& the pharma industry employ subject matter experts(SMEs)to score videos from sites participating in clinical trials for Ulcerative Colitis(UC).As we are developing Artificial Intelligence(AI)models for scoring purposes,we need to build a new software interface that can incorporate these AI models to aid SMEs,making their determination of the scores for each segment of the video & for the video as a whole.We propose a system that reduces the time for SMEs to review & score videos,improving the accuracy of scoring,with the help of our AI models. Methods We built a web-based interface supported by our AI models which can read,write multiple databases & data stores to read & display videos to be scored by a central reader, as well as the associated metadata required to improve the process.User interface shows a timeline with markers for the segments of the colon,with sections that are blurry,poorly prepped,or unscorable highlighted in different colours.While we could also highlight sections of the video with the precise score assigned to it by the AI,this would bias the central reader’s opinion.We hide the precise score generated by our AI models & instead display 3 colours for low,medium or high disease activity.When a video is loaded to be read by the user,the playback marker is set to the first high disease activity section based on known medical indexes such as the Mayo Endoscopic Subscore(MES) & UCEIS(Ulcerative Colitis Endoscopic Index of Severity),usually consists of a few seconds of video & that video is played back continuously in a loop until the reader selects the appropriate score for that section.When the reader saves the section,the software immediately moves the video cursor to the highest scored section of the video.That way the central reader can review only the relevant portions of the video to confirm the score assigned to each segment.If the central reader’s scores do not align well with the AI scores then the software continues to show more sections of the video to the user,including sections it may have labeled as unscorable,that may be scorable. Results The review of the system by 3 key opinion leaders,user experience was positive.Not only does the system allow the reader’s attention to be more efficiently used,but the interface allows both AI & central reader scores to be saved,allowing for the latter to be used iteratively to re-train & improve the underlying AI model(s).Our tool was also used by a gastroenterologist specialist in order to perform video quality assessment & colon sections scoring. Conclusion We developed an AI tool that can be used to improve the efficiency & accuracy of the central reading process in clinical trials for UC.Further work is ongoing to improve the interface.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,007
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,041
Score d'incertitude au seuil0,137

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,007
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0030,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0410,011

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,321
Écart entre enseignants0,306 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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