New mechanistic insight into the digestion of complex dietary fibre by rumen microbiota using combinatorial high-resolution glycomic and transcriptomic analyses
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background The rumen microbial community is considered the most efficient anaerobic digestive ecosystem known, yet less than half of the energy in low quality forages is actually metabolized. There is a knowledge gap regarding the specific factors that impede the ruminal digestion of plant cell walls or if rumen microbiota have the functional potential and activities to overcome these constraints. To address these issues, innovative experimental methods may provide a high-resolution understanding of the cell wall chemistries and higher-order structures that are resistant to microbial digestion and how they interact with the functional activities of the rumen microbial community. Results With this goal, we characterized the total tract indigestible residue (TTIR) from cattle fed a high-forage diet containing low-quality straw using two comparative glycomic approaches: ELISA-based glycome profiling and glycosidic linkage analysis. Using these techniques, we successfully detected numerous and diverse cell wall glycan epitopes in barley straw and TTIR and determined their relative abundance pre- and post-intestinal digestion. Of these, xyloglucans and heteroxylans were the most recalcitrant to digestion. Linkage analysis identified indigestible linkages consistent with the polysaccharide epitopes identified by ELISA-based glycome analysis. To determine if residual plant polysaccharides within TTIR could be metabolised, rumen microbiota from cannulated cattle fed barley straw were incubated with barley straw and TTIR in in vitro batch cultures. Transcript coding for carbohydrate-active enzymes (CAZymes) were identified and characterized for their contribution to cell wall digestion based on glycomic analyses, comparative gene expression profiles, and associated CAZyme families. High-resolution phylogenetic fingerprinting of these sequences revealed encoded enzymes with activities predicted to cleave the primary linkages within heteroxylan and arabinan. Conclusion This experimental platform provides unprecedented precision in the understanding of forage structure and digestibility, which can inform next-generation solutions to improve the growth of ruminants fed low quality forages and enhance the use of crop residues as a feedstock.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».