The cytotoxic A1 domain of shiga‐like toxin 1 interacts with two distinct sites on the ribosomal stalk
Notice bibliographique
Résumé
Ribosome‐inactivating proteins (RIPs) such as Shiga‐like toxin 1 (SLT‐1) halt protein synthesis in eukaryotic cells by depurinating a single adenine base in the sarcin‐ricin loop of 28S rRNA. The molecular details leading up to the site‐specific depurination are lacking, despite a general understanding of the biochemical basis of SLT‐1 toxicity. Here we present evidence that the mechanism by which the catalytic domain of RIPs cleaves its substrate involves initial docking interactions with the ribosomal stalk by virtue of a conserved C‐terminal domain common to all three stalk proteins P0, P1, and P2. The A1 chain of SLT‐1 transiently binds to this peptide with a modest binding constant and rapid on and off rates. Mutagenesis of charged residues within the A1 chain identified a cationic surface that interacts with the peptide motif. In addition, peptide phage‐display revealed a complementary charged surface and an additional hydrophobic motif which may be involved in the interaction. Moreover, deletion mutagenesis performed on the ribosomal protein P0 revealed that the A1 chain binds to an alternate site on P0 in proximity to the contact sites for P1/P2 heterodimers. These results demonstrate that the catalytic chain of RIPs such as SLT‐1 dock on ribosomes using two classes of binding sites located within the ribosomal stalk which may aid in orienting their catalytic domain in close proximity to the depurination site.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».