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Enregistrement W3169254006 · doi:10.21608/mjab.2016.176594

FUNCTIONAL AND MOLECULAR CHARACTERIZATION OF THE LPDA2 GENE IN SINORHIZOBIUM MELILOTI

2016· article· en· W3169254006 sur OpenAlexfundno aff
Rateb Abbas, Noha M. Sorour

Notice bibliographique

RevueMenoufia Journal of Agricultural Biotechnology · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBiochemical Acid Research Studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesMcGill University
Mots-clésSinorhizobium melilotiCharacterization (materials science)GeneSinorhizobiumBiologyComputational biologyGeneticsRhizobiaceaeSymbiosisBacteriaNanotechnologyMaterials science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Escherichia coli and many microorganisms, have a single gene encoding dihydrolipoamide dehydrogenase, which can function as the E3 subunit dihydrolipoamide (LpdA) component of different multi-enzyme dehydrogenase complexes. In contrast, Sinorhizobium meliloti genome encodes three lpdA alleles, each of the lpdA alleles are predicted to function in a different enzyme complex. The lpdA1 encode the E3 component of pyruvate dehydrogenase (PDH); while the lpdA2 is presumed to encode the E3 component of 2-Oxoglutarate dehydrogenase (OGD) and lpdA3, probable the E3 component of a branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase (BKD). To date, no functional characterization of the lpdA2 and lpdA3 genes has been done in S. meliloti. Analysis of the LpdA amino acid sequences revealed conserved functional domains, suggesting that the S. meliloti lpdA2 allele encode functional protein, which may be specific to the complex of E3 subunit of OGD. To test this hypothesis, insertion mutation was isolated for the lpdA2 allele. Internal fragment of lpdA2 allele was cloned into the plasmid pTH1703 and recombined into the S. meliloti genome by single cross-over which yielded lpdA2 mutant. Results obtained revealed that the LpdA2 mutated strain had greatly diminished OGD activity and wild-type levels of PDH and BKD.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,123
Score d'incertitude au seuil0,184

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,193
Écart entre enseignants0,188 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2016
Routes d'admission1
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