Nasopharyngeal Samples Management Strategy During the COVID-19 Pandemic: Experience of the Pasteur Institute of Côte d'Ivoire (2020)
Notice bibliographique
Résumé
Medical testing laboratories are an essential link in the efficient management of infectious diseases by the identification of the pathogens involved. However, the arrangements for their operation may appear more difficult in times of health crises and raise multiple issues that may compromise the usual level of quality assurance of biological analyses and the response to needs. The smooth running and control of laboratory activities in a health crisis situation requires the implementation of a management system that allows the federation of all available energies. We report here on the experience of the Pasteur Institute of Côte d'Ivoire, in charge of nasopharyngeal samples management during the COVID 19 pandemic, describing the assessment of pre-analytical activities in the first quarter of the crisis (March to May 2020). We then present the implemented strategy and the results obtained from June to September 2020. This article proposes a framework for sharing experiences to contribute to a better preparation of the pre-analytical phase of laboratory samples during health crises.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,002 |
| Communication savante | 0,003 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».