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Enregistrement W3169368146 · doi:10.1101/2021.06.16.448340

The respiratory supercomplex from <i>C. glutamicum</i>

2021· preprint· en· W3169368146 sur OpenAlexafffund
Agnes Moe, Terézia Kovaĺová, Sylwia Król, David J. Yanofsky, Michael Bott, Dan Sjöstrand, John L. Rubinstein, Martin Högbom, Peter Brzezinski

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineMaterials Science
ThématiqueEnzyme Structure and Function
Établissements canadiensCanada Research ChairsHospital for Sick ChildrenUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesStockholms UniversitetCanadian Institutes of Health ResearchKempestiftelsernaVetenskapsrådetUppsala UniversitetScience for Life LaboratoryUmeå UniversitetCanada Research ChairsKempe Foundation
Mots-clésCorynebacterium glutamicumPeriplasmic spaceChemistryBiochemistryElectrochemical gradientStereochemistryProtein subunitEscherichia coli

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Corynebacterium glutamicum is a preferentially aerobic Gram-positive bacterium belonging to the Actinobacteria phylum, which also includes the pathogen Mycobacterium tuberculosis . In the respiratory chain of these bacteria, complexes III (CIII) and IV (CIV) form a CIII 2 CIV 2 supercomplex that catalyzes oxidation of menaquinol and reduction of dioxygen to water. Electron transfer within the CIII 2 CIV 2 supercomplex is linked to transmembrane proton translocation, which maintains an electrochemical proton gradient that drives ATP synthesis and transport processes. We isolated the C. glutamicum supercomplex and used cryo-EM to determine its structure at 2.9 Å resolution. The structure shows a central CIII 2 dimer flanked by a CIV on each side. One menaquinone is bound in each of the Q N and Q P sites in each CIII, near the cytoplasmic and periplasmic sides, respectively. In addition, we identified a menaquinone positioned ~14 Å from heme b L on the periplasmic side. A di-heme cyt. cc subunit provides an electronic connection between each CIII monomer and the adjacent CIV. In CIII 2 , the Rieske iron-sulfur (FeS) proteins are positioned with the iron near heme b L . Multiple subunits interact to form a convoluted sub-structure at the cytoplasmic side of the supercomplex, which defines a novel path that conducts protons into CIV.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Communication savante
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,093
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,214
Écart entre enseignants0,198 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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