Whole Genome Sequencing and Comparative Genomics of Fusarium Head Blight Fungi
Notice bibliographique
Résumé
Plant pathogenic fungi from the genus Fusarium can cause economically important diseases of several different agricultural crops, including Fusarium Head Blight (FHB) of wheat.In addition to physically damaging the crops and causing reduced yield, these fungi produce toxins that contaminate the grains and make their products unsafe for consumption.Fungi causing this disease are considerably diverse in their biology with the most prominent and globally distributed species being from the F. graminearum species complex.Fungi from other taxonomic groups, such as F. avenaceum from the F. tricinctum species complex, also cause FHB and have the same geographical ranges as FHB pathogens from the F. graminearum species complex.This study explores the genomic similarities and differences between FHB fungi to: 1) better understand their diversity, and 2) identify genes that may be contributing to toxin production and disease.Whole genome sequencing and comparative genomics was performed on three species within the F. graminearum species complex; F. graminearum, F. meridionale, and F. asiaticum.Patterns of genomic and genetic variation were used to identify genomic regions and genes that are different between genomes.We then performed more detailed analyses of the biological interactions between two North American strains of F. graminearum that are from distinctly different genetic populations and produce different toxins.Our analyses indicated that one strain is more competitive than the other and that isolate-isolate interactions negatively impact toxin production and disease.We also identified a region of the genome that is highly variable between the two strains and when this region was compared to other strains of F. graminearum, the analyses indicated it is part of the accessory genome of the F. graminearum species and genus.Finally, we also performed whole genome sequencing and comparative genomics of three F. avenaceum isolates, which are FHB pathogens within the F.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».