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Genome sequencing unveils a regulatory landscape of platelet reactivity
Ali R. Keramati, Ming‐Huei Chen, Benjamin A.T. Rodriguez, Lisa R. Yanek, Arunoday Bhan, Brady Gaynor, Kathleen A. Ryan, Jennifer A. Brody, Xue Zhong, Qiang Wei, Namiko Abe, Gonçalo R. Abecasis, François Aguet, Christine M. Albert, Laura Almasy, Alvaro Alonso, Seth A. Ament, Peter Anderson, Pramod Anugu, Deborah Applebaum‐Bowden, Kristin Ardlie, Dan E. Arking, Donna K. Arnett, Allison E. Ashley‐Koch, Stella Aslibekyan, Tim Assimes, Paul L. Auer, Dimitrios Avramopoulos, Najib Ayas, Adithya Balasubramanian, John Barnard, Kathleen C. Barnes, R. Graham Barr, Emily Barron‐Casella, Lucas Barwick, Terri Beaty, Gerald J. Beck, Diane M. Becker, Lewis C. Becker, Rebecca Beer, Amber L. Beitelshees, Emelia J. Benjamin, Takis Benos, Marcos Bezerra, Larry Bielak, Joshua C. Bis, Thomas W. Blackwell, John Blangero, Eric Boerwinkle, Donald W. Bowden, Russell Bowler, Ulrich Broeckel, Jai Broome, Deborah Brown, Karen Bunting, Esteban G. Burchard, Carlos D. Bustamante, Erin Buth, Brian E. Cade, Jonathan Cardwell, Vincent J. Carey, Julie Carrier, Cara L. Carty, Richard Casaburi, Juan P. Romero, James F. Casella, Peter J. Castaldi, Mark Chaffin, Christy Chang, Yi‐Cheng Chang, Daniel I. Chasman, Sameer Chavan, Bo-Juen Chen, Wei‐Min Chen, Y Eugene Chen, Michael Cho, Seung Hoan Choi, Lee‐Ming Chuang, Mina K. Chung, Ren‐Hua Chung, Clary B. Clish, Suzy Comhair, Matthew P. Conomos, Elaine Cornell, Adolfo Correa, Carolyn Crandall, James D. Crapo, L. Adrienne Cupples, Joanne E. Curran, Jeffrey L. Curtis, Brian Custer, Coleen Damcott, Dawood Darbar, Sean P. David, Colleen Davis, Michelle Daya, Mariza de Andrade, Lisa de las Fuentes, Paul S. de Vries, Michael R. DeBaun, Ranjan Deka, Dawn L. DeMeo, Scott E. Devine, Huyen Dinh, HarshaVardhan Doddapaneni, Qing Duan, Shannon Dugan‐Perez, Ravi Duggirala, Jon Peter Durda, Susan K. Dutcher, Charles B. Eaton, Lynette Ekunwe, Adel Boueiz, Patrick T. Ellinor, Leslie S. Emery, Serpil C. Erzurum, Charles R. Farber, Jesse Farek, Tasha E. Fingerlin, Matthew Flickinger, Myriam Fornage, Nora Franceschini, Chris Frazar, Mao Fu, Stephanie M. Fullerton, Lucinda Fulton, Stacey Gabriel, Weiniu Gan, Shanshan Gao, Yan Gao, Margery Gass, Heather Geiger, Bruce D. Gelb, Mark W. Geraci, Søren Germer, Robert E. Gerszten, Auyon Ghosh, Richard A. Gibbs, Chris Gignoux, Mark T. Gladwin, David C. Glahn, Stephanie M. Gogarten, Da‐Wei Gong, Harald H.H. Göring, Sharon Graw, Kathryn J. Gray, Daniel Grine, Colin Gross, C. Charles Gu, Yue Guan, Xiuqing Guo, Namrata Gupta, David M. Haas, Jeff Haessler, Michael E. Hall, Yi Han, Patrick J. Hanly, Daniel Harris, Nicola L. Hawley, Jiang He, Ben Heavner, Susan R. Heckbert, Ryan D. Hernandez, David Herrington, Craig P. Hersh, Bertha Hidalgo, James E. Hixson, Brian D. Hobbs, John E. Hokanson, Elliott Hong, Karin F. Hoth, Chao A. Hsiung, Taobo Hu, Yi‐Jen Hung, Haley Huston, Chii Min Hwu, Marguerite R. Irvin, Rebecca D. Jackson, Deepti Jain, Cashell E. Jaquish, Jill M. Johnsen, Andrew D. Johnson, Craig Johnson, Rich Johnston, Kimberly Marie Jones, Hyun Min Kang, Robert M. Kaplan, Sharon L. R. Kardia, Shannon Kelly, Eimear Kenny, Michael D. Kessler, Alyna Khan, Ziad Khan, Wonji Kim, John Kimoff, Gregory L. Kinney, Barbara A. Konkle, Charles Kooperberg, Holly Kramer, Christoph Lange, Ethan M. Lange, Leslie Lange, Cathy C. Laurie, Cecelia Laurie, Meryl S. LeBoff, Jiwon Lee, Sandra Lee, Wen‐Jane Lee, Jonathon LeFaive, David Levine, Daniel Levy, Joshua P. Lewis, Xiaohui Li, Yun Li, Henry J. Lin, Honghuang Lin, Xihong Lin, Simin Liu, Yongmei Liu, Yu Liu, Ruth J. F. Loos, Steven A. Lubitz, Kathryn L. Lunetta, James Luo, Ulysses J. Magalang, Michael C. Mahaney, Barry J. Make, Ani Manichaikul, Alisa K. Manning, JoAnn E. Manson, Lisa W. Martin, Melissa Marton, Susan Mathai, Rasika A. Mathias, Susanne May, Patrick F. McArdle, Merry‐Lynn McDonald, Sean McFarland, Stephen T. McGarvey, Daniel McGoldrick, Caitlin McHugh, Becky McNeil, Hao Mei, James B. Meigs, Vipin K. Menon, Luisa Mestroni, Ginger Metcalf, Deborah A. Meyers, Emmanuel Mignot, Julie Mikulla, Yuan‐I Min, Mollie Minear, Ryan L. Minster, Braxton D. Mitchell, Matt Moll, Zeineen Momin, May E. Montasser, Courtney G. Montgomery, Donna M. Muzny, Josyf C. Mychaleckyj, Girish N. Nadkarni, Rakhi P. Naik, Take Naseri, Pradeep Natarajan, Sergeï Nekhai, Sarah C. Nelson, Bonnie Neltner, Caitlin Nessner, Deborah A. Nickerson, Osuji Nkechinyere, Kari E. North, Jeff O’Connell, Tim O’Connor, Heather M. Ochs‐Balcom, Geoffrey Okwuonu, Allan I Pack, David T. Paik, James S. Pankow, George Papanicolaou, Gina M. Peloso, Juan M. Peralta, Marco Perez, James A. Perry, Patricia A. Peyser, Lawrence S. Phillips, Jacob Pleiness, Toni I. Pollin, Wendy S. Post, Julia Powers Becker, Meher Preethi Boorgula, Michael Preuß, Bruce M. Psaty, Pankaj Qasba, Dandi Qiao, Zhaohui Qin, Nicholas Rafaels, Laura M. Raffield, Mahitha Rajendran, Ramachandran S. Vasan, D. C. Rao, Laura J. Rasmussen‐Torvik, Aakrosh Ratan, Susan Redline, Robert M. Reed, Catherine Reeves, Elizabeth A. Regan, Alex P. Reiner, Muagututi‘a Sefuiva Reupena, Kenneth Rice, Stephen S. Rich, Rébecca Robillard, Nicolas Robine, Dan M. Roden, Carolina Roselli, Jerome I. Rotter, Ingo Ruczinski, Alexi Runnels, Pamela Russell, Sarah Ruuska, Éster Cerdeira Sabino, Danish Saleheen, Shabnam Salimi, Sejal Salvi, Steven L. Salzberg, Kevin Sandow, Vijay G. Sankaran, Jireh Santibanez, Karen Schwander, David C. Schwartz, Frank C. Sciurba, Christine Seidman, Jonathan G. Seidman, Frédéric Sériès, Vivien Sheehan, Stephanie L. Sherman, Amol C. Shetty, Aniket Shetty, Wayne Hui-Heng Sheu, M. Benjamin Shoemaker, Brian Silver, Edwin K. Silverman, Robert Skomro, Albert V. Smith, Jennifer E. Smith, J. G. Smith, Nicholas L. Smith, Tanja Smith, Sylvia Smoller, Beverly M. Snively, M Snyder, Tamar Sofer, Nona Sotoodehnia, Adrienne M. Stilp, Garrett Storm, Elizabeth A. Streeten, Jessica Lasky‐Su, Jody Sylvia, Adam A. Szpiro, Daniel Taliun, Hua Tang, Margaret A. Taub, Kent D. Taylor, Matthew R.G. Taylor, Simeon I. Taylor, Marilyn J. Telen, Timothy A. Thornton, Machiko Threlkeld, Lesley F. Tinker, David Tirschwell, Sarah A. Tishkoff, Hemant K. Tiwari, Catherine Tong, Russell P. Tracy, Michael Y. Tsai, Dhananjay Vaidya, David Van Den Berg, Peter VandeHaar, Scott Vrieze, Tarik Walker, Robert L. Wallace, Avram Walts, Fei Fei Wang, Heming Wang, Jiongming Wang, Karol Watson, Jennifer Watt, Daniel E. Weeks, Bruce S. Weir, Scott T. Weiss, Lu‐Chen Weng, Jennifer Wessel, Cristen J. Willer, Kayleen Williams, L. Keoki Williams, Carla G. Wilson, James F. Wilson, Lara Winterkorn, Quenna Wong, Joseph C. Wu, Huichun Xu, Ivana V. Yang, Ketian Yu, Seyedeh M. Zekavat, Yingze Zhang, Snow Xueyan Zhao, Wei Zhao, Xiaofeng Zhu, Michael C. Zody, Sebastian Zoellner, Kai Kammers, Kanika Kanchan, Kruthika Iyer, Madeline H. Kowalski, Achilleas Pitsillides, Bingshan Li, Thorsten M. Schlaeger, Alan R. Shuldiner, Jeffrey R. O’Connell, Nauder Faraday
Notice bibliographique
RevueNature Communications · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePlatelet Disorders and Treatments
Établissements canadiensUniversity of SaskatchewanUniversité de MontréalUniversité LavalUniversity of OttawaUniversity of CalgaryProvidence Health Care
Organismes subventionnairesNational Center for Research ResourcesNational Institute of General Medical SciencesNational Human Genome Research InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstituteMedical Research CouncilNational Institute on AgingNational Blood FoundationUniversity of BristolEuropean CommissionBroad InstituteNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesJohns Hopkins UniversityNational Institutes of HealthU.S. Department of Health and Human Services
Mots-clésGenome-wide association studyExpression quantitative trait lociLocus (genetics)BiologyQuantitative trait locusGeneticsGenePlatelet activationPhenotypeGenomeRegulatorBioinformaticsComputational biologySingle-nucleotide polymorphismPlateletImmunology
Résumé
Platelet aggregation at the site of atherosclerotic vascular injury is the underlying pathophysiology of myocardial infarction and stroke. To build upon prior GWAS, here we report on 16 loci identified through a whole genome sequencing (WGS) approach in 3,855 NHLBI Trans-Omics for Precision Medicine (TOPMed) participants deeply phenotyped for platelet aggregation. We identify the RGS18 locus, which encodes a myeloerythroid lineage-specific regulator of G-protein signaling that co-localizes with expression quantitative trait loci (eQTL) signatures for RGS18 expression in platelets. Gene-based approaches implicate the SVEP1 gene, a known contributor of coronary artery disease risk. Sentinel variants at RGS18 and PEAR1 are associated with thrombosis risk and increased gastrointestinal bleeding risk, respectively. Our WGS findings add to previously identified GWAS loci, provide insights regarding the mechanism(s) by which genetics may influence cardiovascular disease risk, and underscore the importance of rare variant and regulatory approaches to identifying loci contributing to complex phenotypes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,772
Score d'incertitude au seuil0,342
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,297
Écart entre enseignants0,272 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».
En bref
Citations54
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui