Cluster Analysis Identifies Phosphatidylcholine Species in the Liver and Heart as Prediction Hubs in Ossabaw Swine with Cardio‐Metabolic Heart Failure
Notice bibliographique
Résumé
We recently developed an Ossabaw swine model (Western Diet and aortic banding; WD‐AB) that exhibits features consistent with cardio‐metabolic heart failure (HF). This pre‐clinical model has a pattern of findings possibly useful for enhancing our understanding of the interactions between metabolic syndrome and HF. The aim of this study is to use advanced quantitative methods to reveal novel relationships and candidate predictors we hypothesize may be important to cardio‐metabolic HF. A large‐scale data repository was created containing 142 hemodynamic, structural, and functional cardiovascular measures, 413 lipid species identified using shotgun lipidomics, and 28,386 mRNA‐transcripts revealed by RNA‐seq. Repository data was generated from heart, vascular, hepatic, and blood samples collected from 2 groups of intact female Ossabaw swine: 1) lean control (CON; N=5); and 2) WD‐AB (N=4). Logistic regression models with AUC scores identified a subset of measurements predictive of HF status that included 1,237 measurements (4.3%). Log2 fold changes were then calculated and statistically significant changes (p<0.05) with absolute value log2 fold changes >1 were considered. Pearson correlations for these 153 measurements were analyzed to identify redundant information using k‐medoids clustering analysis with an average silhouette approach. Twenty‐eight left ventricle (LV) genes and 125 lipids in 2 clusters (Fig. 1 Circos plot) with center points were identified. Cluster 1 (7 mRNA‐transcripts, 70 lipids) was composed of strong correlations with center point phosphatidylcholine (PC) alkyl ether (a) species 32 from the liver (LIVER_PC_32.0a_754) that increased 10‐fold in the WD‐AB group (P<0.05; 25±4 CON vs. 277±56 WD‐AB pmols/mg). Cluster 2 (21 mRNA‐transcripts, 55 lipids) had center point PC species 38.4a from the LV (HEART_PC_38.4a_830) that increased ~3‐fold in the WD‐AB group (P<0.05; 37±3 CON vs. 102±3 WD‐AB pmols/mg). Identified PCa species containing arachidonic acid are storage depots for bioactive oxylipids (eicosanoids) and a precursor for platelet activating factor production. Increased alkyl ether phospholipids may also indicate increased peroxisome proliferation (the site of alkyl ether biosynthesis) and the potential to increase unknown peroxisome proliferator‐activated receptor (PPAR) endogenous ligands. In conclusion, PCa species identified from the heart and liver of WD‐AB animals may be underappreciated and have predictive significance for cardio‐metabolic HF. Ongoing work includes enrichment analysis to determine biological processes underlying clusters.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».