B.06 Whole exome sequencing in genetic ataxias associated with cerebellar atrophy: the Canadian experience
Notice bibliographique
Résumé
Background: Cerebellar atrophy is characterized by loss of cerebellar tissue, with evidence on brain imaging of enlarged interfolial spaces compared to the foliae. Genetic ataxias associated with cerebellar atrophy are a heterogeneous group of disorders. We investigated the prevalence in Canada and the diagnostic yield of whole exome sequencing (WES) for this group of conditions. Methods: Between 2011 and 2017, WES was performed in 91 participants with cerebellar atrophy as part of one of two national research programs, Finding of Rare Genetic Disease Genes (FORGE) or Enhanced Care for Rare Genetic Diseases in Canada (Care4Rare). Results: A genetic diagnosis was established in 58% of cases (53/91). Pathogenic variants were found in 24 known genes, providing a diagnosis for 46/53 participants (87%), and in four novel genes, accounting for 7/53 cases (13%). 38/91 cases (42%) remained unsolved. The most common diagnoses were channelopathies in 12/53 patients (23%) and mitochondrial disorders in 9/53 (17%). Inheritance was autosomal recessive in the majority of cases. Additional clinical findings provided useful clues to some of the diagnoses. Conclusions: This is the first report on the prevalence of genetic ataxias associated with cerebellar atrophy in Canada, and the utility of WES for this group of conditions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».