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Enregistrement W3170408976 · doi:10.1017/cjn.2021.98

The tissue proteome of dorsal root ganglia in Friedreich ataxia

2021· article· en· W3170408976 sur OpenAlexaffvenue
A. ll. Koeppen, AM Travis, J.E. Mazurkiewicz, BB Gelman, Steven Pelech, Catherine Sutter

Notice bibliographique

RevueCanadian Journal of Neurological Sciences / Journal Canadien des Sciences Neurologiques · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueGenetic Neurodegenerative Diseases
Établissements canadiensKinexus Bioinformatics Corporation (Canada)University of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPI3K/AKT/mTOR pathwayCell biologyBiologyMolecular biologyChemistrySignal transduction

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Dorsal root ganglia (DRG) at all levels of the spinal cord are a prominent target of Friedreich ataxia (FA). The lesions include hypoplasia of neurons, proliferation of satellite cells, infiltration by IBA- 1-reactive monocytes, and formation of residual nodules. Paucity and smallness of DRG neurons account for the lack of large myelinated axons in dorsal roots and sensory peripheral nerves. The lack of myelin in dorsal roots can be attributed to low levels of neuregulin 1 type III (NRG1[III]). Lysates of 13 DRG of genetically confirmed FA patients were analyzed by antibody microarray with 878 different validated antibodies that target structural and signaling proteins, and by Western blots. KIT and mTOR, two proteins involved in cellular proliferation, were significantly upregulated in the DRG of FA. KIT is a transmembrane receptor that dimerizes when it binds two molecules of stem cell factor (SCF) in its extracellular domain and becomes activated as protein tyrosine kinase. Immunohistochemistry with anti-KIT generated reaction product in satellite cells of normal DRG and prominent labeling of these cells in FA that co-localized with SCF on double- label immunofluorescence; SCF was present in S100-positive satellite cells rather than monocytes. Immunohistochemical reaction product of mTOR and other mTOR complex proteins, such as hamartin (TSC1), tuberin (TSC2), raptor (mTOR complex 1) and rictor (mTOR complex 2) was also present in satellite cells of normal DRG and DRG of FA. Antibodies to two downstream proteins that are considered to be indicators of mTOR activity, P70 S6K and 4E-binding protein 1, revealed no reaction product in DRG of FA. TSC1, TSC2, and mTOR are best known from their roles in tuberous sclerosis, but expression of these proteins, and KIT, in DRG may contribute to signaling cascades underlying the proliferation of satellite cells in FA. LEARNING OBJECTIVES This presentation will enable the learner to: 1. Discuss cellular proliferation in the pathogenesis of the DRG lesion in Friedreich ataxia CONFLICT OF INTEREST AHK is a consultant to PTC Therapeutics of South Plainfield, NJ USA. SP and CS are majority owners of Kinexus.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,037
Tête enseignante GPT0,283
Écart entre enseignants0,246 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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