Abnormal Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction Amplification Curve as Possible Pre-Selection Tool for SARS-CoV-2 “English Variant” Sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Background: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants are rapidly spreading, and currently represent a consistent worldwide problem in containing coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic. Methods: We evaluated the Allplex SARS-CoV-2 Assay (Seegene) as a rapid pre-selection screening tool of viral variants by real-time polymerase chain reaction (PCR) amplification, before viral genome sequencing. Results: The analytic platform targets envelope gene (E), ribonucleic acid (RNA)-dependent RNA polymerase (RdRp)/spike (S) gene and nucleocapsid (N) gene of SARS-CoV-2, and reveals the presence of an abnormal (non-sigmoidal) amplification curve in 130 of 1,000 positive samples obtained from nasopharyngeal swabs. Sequencing analysis of a percentage of non-sigmoidal samples confirmed the presence of the new variant B.1.1.7 of SARS-CoV-2. Conclusions: Our results show the potential use of this reverse transcriptase-PCR (RT-PCR) pre-analysis to rapidly identify and track the new lineage B.1.1.7 of SARS-CoV-2, especially when sequencing analysis is not available, and consequently limiting its fast spreading among people. Clin Infect Immun. 2021;6(2):47-50 doi: https://doi.org/10.14740/cii129
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,014 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,010 | 0,010 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».