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Enregistrement W3170571390 · doi:10.1101/2021.06.16.448762

Respiratory and C <sub>4</sub> -photosynthetic NAD-malic enzyme coexist in bundle sheath cells mitochondria and evolved via association of differentially adapted subunits

2021· preprint· en· W3170571390 sur OpenAlexaff
Meike Hüdig, Marcos A. Tronconi, Juan P. Zubimendi, Tammy L. Sage, Gereon Poschmann, David Bickel, Holger Gohlke, Verónica G. Maurino

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePhotosynthetic Processes and Mechanisms
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésNAD+ kinaseBiochemistryBiologyGlycerol-3-phosphate dehydrogenaseProtein subunitEnzymeC4 photosynthesisGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT In different lineages of Cleomaceae, NAD-malic enzyme (NAD-ME) was independently co-opted to participate in C 4 photosynthesis. In the C 4 Cleome species Gynandropsis gynandra and Cleome angustifolia, all NAD-ME genes ( NAD-MEα, NAD-MEβ1, and NAD-MEβ2 ) were affected by C 4 evolution and are expressed at higher levels than their orthologs in the C 3 Cleome species Tarenaya hassleriana . In the latter C 3 species, the NAD-ME housekeeping function is performed by two heteromers, NAD-MEα/β1 and NAD-MEα/β2, with similar biochemical properties. In both C 4 species analyzed, this role is restricted the NAD-MEα/β2 heteromer. In the C 4 species, NAD-MEα/β1 is exclusively present in the leaves, where it accounts for most of the enzymatic activity. GgNAD-MEα/β1 exhibits high catalytic efficiency and is differentially activated by the C 4 intermediate aspartate, confirming its role as the C 4 -decarboxylase. During C 4 evolution, GgNAD-MEβ1and CaNAD-MEβ1 lost their catalytic activity; their contribution to enzymatic activity results from a stabilizing effect on the associated α-subunit. We conclude that in bundle sheath cell mitochondria of C 4 Cleome species, the functions of NAD-ME as C 4 photosynthetic decarboxylase and as a tricarboxylic acid cycle-associated housekeeping enzyme coexist and are performed by isoforms that combine the same α subunit with differentially adapted β subunits.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,199
Écart entre enseignants0,190 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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