Concordance of tissue- and plasma-derived genomic profiling in CheckMate 9LA, using the FoundationOne CDx and GuardantOMNI assays.
Notice bibliographique
Résumé
9010 Background: Blood-based profiling of genomic features including tumor mutational burden (TMB) has generally demonstrated positive correlations with tissue-derived assessments from paired tumor samples. However, both technical and biological factors contributing to discordance between these measurements and underlying sequence alterations need further investigation for the successful adoption of noninvasive tumor profiling. We explored the genomic landscape, including the association between tissue TMB (tTMB) and blood TMB (bTMB), in samples from patients with stage IV non-small cell lung cancer (NSCLC) enrolled in CheckMate 9LA (NCT03215706), a phase 3, randomized clinical trial of nivolumab + ipilimumab in combination with 2 cycles of chemotherapy (chemo) vs 4 cycles of chemo as first-line treatment for NSCLC. Methods: Tissue- (FoundationOne CDx [F1CDx]) and blood-based (GuardantOMNI [OMNI]) genomic data obtained from both treatment arms were utilized for our retrospective analysis of genomic variants and complex biomarkers, including tTMB and bTMB. In total, 692 tissue and 646 plasma samples were analyzed. Results: Following the established criteria for the validated F1CDx and OMNI platforms, 464 tissue and 537 plasma samples passed quality control, resulting in ascertainment levels of 67% for tTMB and 83% for bTMB. Across 344 paired tissue and plasma samples, tTMB and bTMB scores were found to be moderately correlated (Spearman’s r = 0.56; P < 0.001); median tTMB score was 7.7 mutations per megabase (mut/Mb) and median bTMB score was 13.5 mut/Mb. For the prespecified cutoffs of 10 mut/Mb for tTMB and 16 mut/Mb for bTMB, the positive, negative, and overall percentage agreements between assays were 65%, 79%, and 73%, respectively. Interestingly, 2 discordant sample pairs had considerably higher bTMB than tTMB (76.1 vs 3.8 and 172.6 vs 5.0 mut/Mb for bTMB and tTMB, respectively) and both had high microsatellite instability from blood-based assessments. OMNI and F1CDx data from 477 patients were evaluable for the analysis of short sequence variants (single nucleotide variations and indels). OMNI detected 4557 variants, F1CDx detected 4620, and 2903 (46% of total reported variants) were detected by both assays. Conclusions: In CheckMate 9LA, data from paired samples revealed the complementary nature of TMB assessments from tissue and blood and suggest that both approaches may have the potential to identify genomic alterations that may be useful in the management of patients with NSCLC. Further interrogation of the biological and analytical factors affecting tumor- and blood-derived genomic profiling is warranted to support their implementation in clinical settings. Clinical trial information: NCT03215706.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».