Isolation and reconnection: Demographic history and multiple contact zones of the green odorous frog (<i>Odorrana margaretae</i>) around the Sichuan Basin
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The green odorous frog (Odorrana margaretae) displays a circular distribution around the Sichuan Basin of western China and possesses multiple replicate hybrid zones between lineages with high levels of divergence. To gain an understanding of the speciation process, we obtained 1540 SNPs from 29 populations and 227 individuals using ddRAD sequencing. Population structure analysis revealed three groups within the species: the West, North & South, and East groups. Demographic inference showed that they were initially isolated at ~2 million years ago, and subsequent post‐glacial expansion produced the current circular distribution with four secondary contact zones. Hybridization in those zones involved lineages with various levels of divergence and produced greatly different patterns of introgression. Contact zones between the East and North & South groups (E–S and E–N) had contrast admixture levels but both showed a general lack of potential barrier loci. Meanwhile, the reconnection of the West and North & South groups produced two contact zones along the rim of the Basin. The S–W zone had extensive admixture while the N–W zone had limited admixture within a narrow geographic distance. Both showed substantial barrier effects, and a large number of potential barrier loci were shared. We also detected strong coupling among these loci. The N–W hybrid zone involved two highly‐diverged lineages (FST = 0.704) and many loci have reached fixation around the hybrid zone. This study system offers a unique opportunity to understand the dynamics of introgression in contact zones and the architecture of reproductive isolation at different stages of speciation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».