Identification of residues in human melatonin type 2 receptor involved in signaling selectivity or general signal transmission using natural variants
Notice bibliographique
Résumé
Melatonin is a neurohormone secreted by the pineal gland mainly regulating circadian rhythm and binding to 2 receptors: MT 1 and MT 2 . A recent genome‐wide association studies revealed 40 non‐synonymous polymorphisms of MT 2 . All these variants are normally expressed at cell surface and 4 of them show loss of melatonin binding. Given that no crystal structure is available yet for MT 2 and that variants are well distributed along MT 2 , we took advantage of these natural variants to delineate structural features controlling MT 2 functionality. By monitoring β‐arrestin 2 recruitment, ERK phosphorylation, inhibition of cAMP production, Gα i1 and Gα z activation, we generated 40 signaling signatures and similar profiles were grouped together using non‐negative matrix factorization (NMF). A total of 8 different types of signatures (clusters) were obtained. Each cluster has unique signaling features and is distinctly spatially localized along MT 2 . While residues important for general signal transmission are located in transmembrane regions, the residues responsible for signal selectivity are almost exclusively localized in intracellular domains. Using computational homology modeling (PDB ID: 4Zwj and 3sn6), we proposed molecular mechanisms underlying general signal transmission but also Gα/β‐arrestin and Gα z /Gα i1 selectivities. Altogether, our findings represent a proof of principle that natural variants of a given receptor can be exploited and used as a platform to learn more about its structural properties. Support or Funding Information This work was supported by a grant from FRQS to MB, from FRM and ANR to RJ and from NIH, NSF and DARPA to OL. Postdoctoral fellowships from CIHR and from Diabetes Canada to BP, from FRM to AK and from ETH Zurich to TF also funded this work. This abstract is from the Experimental Biology 2018 Meeting. There is no full text article associated with this abstract published in The FASEB Journal .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».