The functional architecture of a cationic pore that modulates citrate synthase quaternary structure and allostery
Notice bibliographique
Résumé
The active form of the allosteric Type II citrate synthase of E. coli is a hexamer, having as a large central feature an unusual cationic pore lined with 18 arginines. We have investigated this remarkable concentration of positive charge using a variety of techniques. The importance of the combined repulsive effect of these arginines is evident from the extreme conditions necessary to reestablish a dimer‐hexamer equilibrium with their substitution. Structural studies have determined three repulsive arginine based forces act to destabilize the hexamer state, including: interactions between two arginine rings that encircle the cationic pore; a novel arginine cassette structure formed between dimer units; and, repulsions between arginine side chains at the very center of the pore. Notably, kinetic studies suggest these repulsive pore interactions give the hexameric enzyme the energetic flexibility needed to carry out catalysis. Our results emphasize the finely tuned relationship between the dual dimer ‐ hexamer and R (active) ‐ T (inactive) allosteric equilibria present. Indeed it seems the allosteric NADH binding site is a mechanism designed to fine tune the cationic pore ‐ active site energetic relationship and thereby allow for an equilibrium wherein a T‐state enzyme can be induced without irretrievable inactivation of the enzyme. Supported by the Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».