Retracted and Replaced: Known sequence features can explain half of all human gene ends

2021· article· en· 0 citations· W3172664492 sur OpenAlex· 10.1093/nargab/lqab042

Pourquoi ce travail est-il dans la base ?

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

Affiliation canadienneUne personne signataire a déclaré un établissement canadien. C'est la seule voie dont dispose la base habituelle.

Organisme subventionnaire canadienUn organisme canadien l'a financé. Le travail peut ne porter aucune affiliation canadienne.

Dossier post-publication

Nature: Retraction
Motif: Error in Data;Error in Results and/or Conclusions;Results Not Reproducible;Retract and Replace;
Date: 4/5/2023 0:00
Signalé par OpenAlex ?: Oui

Source : Retraction Watch, jointe par DOI. OpenAlex consigne la rétractation dans is_retracted, un booléen sur un espace d'états à au moins quatre valeurs ; il ne peut donc exprimer ni une expression de préoccupation, ni une correction, ni un rétablissement, et les rapporte comme false, ce qui se lit comme « rien à signaler ».

Scores machine (provisoires)

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Tête enseignante Opus0,019

Tête enseignante GPT0,274

Écart entre enseignants: 0,255 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation: score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Résumé

Cleavage and polyadenylation (CPA) sites define eukaryotic gene ends. CPA sites are associated with five key sequence recognition elements: the upstream UGUA, the polyadenylation signal (PAS), and U-rich sequences; the CA/UA dinucleotide where cleavage occurs; and GU-rich downstream elements (DSEs). Currently, it is not clear whether these sequences are sufficient to delineate CPA sites. Additionally, numerous other sequences and factors have been described, often in the context of promoting alternative CPA sites and preventing cryptic CPA site usage. Here, we dissect the contributions of individual sequence features to CPA using standard discriminative models. We show that models comprised only of the five primary CPA sequence features give highest probability scores to constitutive CPA sites at the ends of coding genes, relative to the entire pre-mRNA sequence, for 41% of all human genes. U1-hybridizing sequences provide a small boost in performance. The addition of all known RBP RNA binding motifs to the model, however, increases this figure to 49%, and suggests an involvement of both known and suspected CPA regulators as well as potential new factors in delineating constitutive CPA sites. To our knowledge, this high effectiveness of established features to predict human gene ends has not previously been documented.

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La notice

Revue: NAR Genomics and Bioinformatics
Thématique: RNA Research and Splicing
Domaine: Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
Établissements canadiens: Occupational Cancer Research CentreUniversity of Toronto
Organismes subventionnaires: Canadian Institutes of Health Research
Mots-clés: PolyadenylationGeneCoding regionGeneticsBiologySequence (biology)Computational biologyPrimary transcriptContext (archaeology)Regulatory sequenceMessenger RNAGene expressionAlternative splicing
Résumé présent dans OpenAlex: oui
API: /api/v1/works/W3172664492