A 4-chemokine signature to predict intermediate immunogenicity in homologous recombination repair deficient tumors.
Notice bibliographique
Résumé
2546 Background: Treatment responses to immune checkpoint blockade (ICB) associate with T cell tumor inflammation. Tumors with mismatch repair deficiency display an inflammatory tumor phenotype and respond to ICB. Similarly, tumors with homologous recombination repair deficiency (HR-d) may be primed for ICB treatment. We have previously shown that a panel of 4 chemokines identifies a subclass of pancreatic cancer with markers of T cell-inflammation. Here, we evaluated this 4-chemokine signature in cancer types with HR-d molecular subclasses. Methods: We combined paired transcriptomes and genomic data of breast (n = 699), ovarian (n = 174) and prostate (n = 457) cancers from the Cancer Genome Atlas and tumor-enriched pancreas cancers (n = 121) to evaluate the 4-chemokine signature in HR-d vs. HR-proficient tumors across these 4 cancers. Metrics of antitumor immunity were also compared. Results: Across tumor types, elevated expression of the 4-chemokine signature (chemokine-hi) associated with transcriptional hallmarks of a T cell-mediated antitumor response, including antigen presenting cell stimulation, antigen presentation, and T cell activity. In tumors with a predominant COSMIC signature 3, which associates with HR-d, the 4-chemokine signature predicted intermediate levels of T cell-inflammation. Conclusions: These data suggest that 1) the 4-chemokine signature may be a clinically relevant biomarker in identifying subclasses of tumours responsive to immunotherapies, and that 2) HR-d tumors harbor intermediate immunogenicity. Correlation of treatment responses to immunotherapies with the 4-chemokine signature is needed validate its predictive value as a biomarker for treatment stratification with immunotherapies.[Table: see text]
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».