Effects of γ‐glutamyl hydrolase modulation on CpG promoter DNA methylation and gene expression in human colon cancer cells
Notice bibliographique
Résumé
γ‐Glutamyl hydrolase (GGH) plays an important role in folate homeostasis by catalyzing hydrolysis of polyglutamylated folate into monoglutamates, thereby facilitating export of folate from cell. We investigated whether GGH modulation would affect CpG promoter methylation and gene expression profiles in human HCT116 colon cancer cells. Illumina HT‐12 and Infinium Methylation assay were performed in the GGH‐modulated HCT116 cells, and Ingenuity Pathway Analysis was used for functional analysis. The mRNA expression of selected genes, expression of which was epigenetically regulated was confirmed by qRT‐PCR. We identified 153 differentially expressed genes (most involved pathways: cellular movement and cell death) associated with GGH overexpression, and 321 differentially expressed genes (most involved pathways: cell death and cell cycle) associated with GGH inhibition. 905 and 1869 genes showed altered CpG promoter methylation associated with GGH overexpression and inhibition, respectively. An integrated analysis revealed 5 and 16 genes, expression of which was regulated by CpG promoter methylation changes associated with GGH overexpression and inhibition, respectively. Thus, GGH modulation can affect differential gene expression and CpG promoter DNA methylation involved in important biological pathways and some of the observed altered gene expression appear to be epigenetically regulated. Grant Funding Source : CIHR Fund 14126
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».