Understanding the development of variable craniofacial phenotypes caused by altered methylation affecting Wnt9b in A‐strain mice
Notice bibliographique
Résumé
Variable clinical presentation is common in many structural birth defects, two children with the same genetic mutation often have different clinical presentation. Therefore, understanding the developmental origin of such variability is of fundamental importance to developing patient targeted treatment, or precision medicine. A/WySn mice are genetically identical, inbred mice, but about 20% of them develop cleft lip and palate. This has been linked to loss of methylation at an IAP retrotransposon near Wnt9b (Wnt9bIAP). Using a newly developed protocol for generating RNA and DNA as well as a 3D microCT scan that can be used to quantify shape, we show that loss of methylation at this locus directly correlates with facial shape in precleft embryos. Line1 methylation is unaffected in embryos with abnormal Wnt9bIAP methylation levels. Wnt9bIAP methylation levels are bimodal, but continuous, as are facial shape, Wnt9b and Axin2 levels. We use all of these factors to build a model of how multiple continuous bimodal inputs lead to a discontinuous phenotype (clefting). We also determine how this model relates to underlying changes in the cell biology in the affected tissue. Support or Funding Information NIH R01 2R01DE019638 to RSM and BH. NSERC 238992‐17 to BH. Alberta Children's Hospital Research Institute Fellowship to RG. This abstract is from the Experimental Biology 2018 Meeting. There is no full text article associated with this abstract published in The FASEB Journal .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».