Evolution of hypoxia‐responsive cytochrome c oxidase genes
Notice bibliographique
Résumé
Among the mechanisms that fine‐tune cytochrome c oxidase (COX) levels/activities is an oxygen‐dependent switch of paralogs for subunit 4. COX4‐1 is constitutively expressed in most tissues; COX4‐2 predominates in brain and lung and is induced by hypoxia in other tissues. Though there is considerable evidence that this isoform switch has advantages in COX regulation under energetic stress, the evolutionary origins of the adaptation are unclear. All vertebrates possess single gene copies of both orthologs, though birds lack a functional COX4‐2 gene. Mammals, amphibians and reptiles display considerable diversity in the distribution, degeneracy and efficacy of canonical hypoxia‐responsive elements (HRE) and oxygen‐responsive elements (ORE). Fish display mammalian‐like tissue expression profiles of COX4‐1 and COX4‐2, but we find no evidence that COX4‐2 is hypoxia responsive; fish and fish cells do not alter COX4‐2 expression under hypoxia or anoxia, and their proximal promoters lack HRE or ORE elements homologous to the human gene. These studies suggest that the COX4‐2 paralog is near ubiquitous in vertebrates, but its oxygen responsiveness is perhaps limited to mammals. Even in mammals, its oxygen sensitivity differs among tissues and between cancer lines. Funded by NSERC Canada.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».