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Enregistrement W3174178012 · doi:10.1096/fasebj.27.1_supplement.270.5

Evidence for epigenetic regulation of UGT1A1 protein expression and activity in healthy human livers

2013· article· en· W3174178012 sur OpenAlexaff
Ümit Yaşar, David J. Greenblatt, Chantal Guillemette, Michael H. Court

Notice bibliographique

RevueThe FASEB Journal · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueNeonatal Health and Biochemistry
Établissements canadiensUniversité Laval
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCpG siteGlucuronidationMethylationEpigeneticsDNA methylationBiologyEnhancerMolecular biologyEndocrinologyGeneticsTranscription factorGene expressionGeneIn vitro

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Interindividual variability in UDP‐glucuronosyltransferase 1A1 (UGT1A1) is only partially explained by genetic polymorphisms and enzyme inducers. Here we determined whether cytosine methylation explains an additional proportion of this variability in human liver. UGT1A1 phenotypes, including UGT1A1 protein and bilirubin glucuronidation, and UGT1A1*28 were determined using a human liver bank (n=46). Methylation levels were quantified at 5 CpG sites associated with known transcription factor response elements in the UGT1A1 promoter and distal enhancer, as well as a CpG‐rich island 1.5 kb further upstream. Individual CpG sites showed considerable methylation variability ranging from 10‐ to 29‐fold difference with average methylation levels from 25 to 41%. Multivariate regression analysis identified *28/*28 genotype, −4 CpG site methylation, and alcohol history as significant predictors of UGT1A1 protein content, accounting for 12%, 11%, and 9% of the variability (R2=0.32, p=0.003). Similarly, −4 CpG methylation and alcohol history accounted for 13% and 12% of the variability in bilirubin glucuronidation (R2=0.25, p=0.005). These results suggest that differential methylation of the −4 CpG site located within a known USF response element may explain a proportion of variability in hepatic glucuronidation by UGT1A1. Funded by NIH‐R01‐ GM061834 (to MHC) and NIH‐N01‐DK‐7–0004/ HHSN267200700004C.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,113
Score d'incertitude au seuil0,124

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,061
Tête enseignante GPT0,343
Écart entre enseignants0,282 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2013
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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