The origin and radiation of the phosphoprotein phosphatase (PPP) enzymes of Eukaryotes
Notice bibliographique
Résumé
Phosphoprotein phosphatase (PPP) enzymes are ubiquitous proteins involved in cellular signaling pathways and other functions. Here we have traced the origin of the PPP sequences of Eukaryotes and their radiation. Using a bacterial PPP Hidden Markov Model (HMM) we uncovered "BacterialPPP-Like" sequences in Archaea. A HMM derived from eukaryotic PPP enzymes revealed additional, unique sequences in Archaea and Bacteria that were more like the eukaryotic PPP enzymes then the bacterial PPPs. These sequences formed the basis of phylogenetic tree inference and sequence structural analysis allowing the history of these sequence types to be elucidated. Our phylogenetic tree data strongly suggest that eukaryotic PPPs ultimately arose from ancestors in the Asgard archaea. We have clarified the radiation of PPPs within Eukaryotes, substantially expanding the range of known organisms with PPP subtypes (Bsu1, PP7, PPEF/RdgC) previously thought to have a more restricted distribution. Surprisingly, sequences from the Methanosarcinaceae (Euryarchaeota) form a strongly supported sister group to eukaryotic PPPs in our phylogenetic analysis. This strongly suggests an intimate association between an Asgard ancestor and that of the Methanosarcinaceae. This is highly reminiscent of the syntrophic association recently demonstrated between the cultured Lokiarchaeal species Prometheoarchaeum and a methanogenic bacterial species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».