Use of untargeted magnetic beads to capture <i>Mycobacterium smegmatis</i> and <i>Mycobacterium avium paratuberculosis</i> prior detection by mycobacteriophage D29 and Real-Time-PCR
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Untargeted magnetic beads were evaluated to capture Mycobacterium smegmatis and Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis (MAP) from spiked feces, milk, and urine. Untargeted magnetic beads recovered more M. smegmatis cells from PBS suspension than the typical centrifugation method; 96.31% of 1.68 × 10 4 CFU/mL viable M. smegmatis were recovered by beads and 0% by centrifugation. Likewise, the F57 -qPCR detection of MAP cells was different whether they were recovered by beads or centrifugation; cycle threshold (Ct) was lower (p<0.05) for the detection of MAP cells recovered by beads than centrifugation, indicative of higher sensitivity. Magnetic separation of MAP cells from milk, urine, and feces specimens were detected by F57 and IS900 sequences. Ct values demonstrated that beads captured no less than 10 9 CFU/mL from feces and no less than 10 4 CFU/mL from milk and urine suspensions. In another detection strategy, M. smegmatis coupled to magnetic beads were infected by mycobacteriophage D29. Plaque forming units were observed after 24 h of incubation from urine samples containing 2 × 10 5 and 2 × 10 3 CFU/mL M. smegmatis . The results of this study provide a promising tool for diagnosis of Johne’s disease and other mycobacterial diseases such as tuberculosis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».