Characterization of an ornithine N <sup>5</sup> ‐hydroxylase involved in pyoverdine siderophore biosynthesis in <i>Pseudomonas aeruginosa</i>
Notice bibliographique
Résumé
Pseudomonas aeruginosa is an opportunistic pathogen that infects individuals with cystic fibrosis or those that are immuno‐compromised. It produces the siderophore pyoverdine that enables it to acquire iron, an essential growth element, from tightly bound iron stores within the human host. The formation of the iron‐chelating hydroxamate functional group in pyoverdine requires the enzyme PvdA, a flavin‐dependent oxygenase, that catalyzes the N 5 ‐hydroxylation of L‐ornithine. pvd A from P. aeruginosa was successfully overexpressed in E. coli and the enzyme purified. In the absence of L‐ornithine, PvdA possessed an NADPH oxidase activity of 0.088 μmolmin −1 mg −1 . The substrate L‐ornithine stimulated this activity by a factor of 10, and the reaction was tightly coupled to the formation of the hydroxylamine. Steady‐state kinetic analysis showed that the L‐ornithine dependent NADPH oxidation obeys Michaelis‐Menten kinetics with apparent K m and V max values of 0.66 mM and 0.85Umg −1 , respectively. L‐lysine was a non‐substrate effector that stimulated NADPH oxidation but was not hydroxylated by the enzyme. L‐norleucine, L‐glutamine and L‐arginine were not substrates or effectors, but they were competitive inhibitors of the L‐ornithine dependent NADPH oxidation reaction, with K ic between 0.4mM and 6.4mM. The results indicate that binding of compounds to the effector site of PvdA is not sufficient to stimulate the NADPH oxidation activity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».