ATP‐mediated amino acid recognition by GlnRS
Notice bibliographique
Résumé
Glutaminyl‐tRNA synthetase has been a leading model for the study of structure‐function correlations in class I tRNA synthetases. Recognition of the correct amino acid and tRNA by these enzymes is critical for the fidelity of the genetic code. The active site assembly of the quaternary and ternary complexes of GlnRS bound to tRNA Gln , ATP and glutamine, or the aminoacyl‐adenylate analog, QSI, revealed a unique interaction between ATP and glutamine distal to the reactive α‐phosphate and carboxylate moieties: the amide oxygen of glutamine accepts a direct hydrogen bond from the 3′OH group of the ribosyl moiety. Interestingly, the quaternary structure of GlnRS bound to noncognate glutamate shows that the analogous hydrogen bond is not formed. Indeed, examination of all tRNA synthetase crystal structures shows that such a distal contact between ATP and the amino acid R‐group is unique to GlnRS. To elucidate the importance of this interaction two approaches were taken: kinetic analysis using an ATP analog, 3′dATP, and crystallization of GlnRS bound to the noncognate aminoacyl‐adenylate analog, glutamol‐AMP. The kinetic findings demonstrate the importance of the unique hydrogen bond: while the Km of 3′‐dATP for GlnRS is unaltered, kcat/Km is decreased by 10 3 fold, and the affinity for glutamine is weakened by 20‐fold. The crystal structure of the noncognate ternary complex confirms that the distal interaction is unique to glutamine binding. Funded by NIH.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».