Studying polyphosphorylation, a novel PTM, in mammalian cell lines
Notice bibliographique
Résumé
Polyphosphates are long chains of phosphates attached to one another via high‐energy phosphoanhydride bonds. The literature reports their implication in a variety of medically related functions, such as apoptosis, blood coagulation, and inflammation. The mechanisms involved with polyphosphate and its functions have been studied in bacteria and in yeast, but the synthesis pathway of polyphosphate in mammals is still unknown. Moreover, the concentrations of polyphosphate in mammalian cells (<1mM) are much lower than the ones found in yeast (100–200mM). This makes it challenging to study polyphosphate biology and polyphosphorylation in mammalian cell lines. Recently, Azevedo, et al. (2015) identified a new PTM in yeast called polyphosphorylation and two targets of this PTM: Nsr1 and Top1. It consists of the non‐enzymatic covalent attachment of polyphosphate chains to lysine residues found in a poly‐acidic serine and lysine‐rich (PASK) motif. Our lab has since identified 24 novel yeast targets being polyphosphorylated. Our next aim was to test if human proteins can also be polyphosphorylated. In order to modulate the concentrations of polyphosphate in the cell, we transfected mammalian cells with PPK1, an E. coli enzyme that synthesizes polyphosphate. This ectopic expression allowed us to perform a small “screen” and identify 6 human proteins that can be polyphosphorylated: nucleolin, hNop56, Mesd chaperone, DEK, eIF5B and UPF3B. We will present our latest work focused on determining the molecular function of polyphosphorylation in mammalian cells. Support or Funding Information This project is funded by the Canadian Institutes of Health Research (CIHR). This abstract is from the Experimental Biology 2018 Meeting. There is no full text article associated with this abstract published in The FASEB Journal .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».