Response to Oxidative Burst-Induced Hypoxia Is Associated With Macrophage Inflammatory Profiles as Revealed by Cellular Genome-Wide Association
Notice bibliographique
Résumé
Background In mammalian species, hypoxia is a prominent feature of inflammation. The role of hypoxia in regulating macrophage responses via alteration in metabolic pathways is well established. Recently, oxidative burst-induced hypoxia has been shown in murine macrophages after phagocytosis. Despite the available detailed information on the regulation of macrophage function at transcriptomic and epigenomic levels, the association of genetic polymorphism and macrophage function has been less explored. Previously, we have shown that host genetics controls approximately 80% of the variation in an oxidative burst as measured by nitric oxide (NO-). Further studies revealed two clusters of transcription factors (hypoxia-related and inflammatory-related) are under the genetic control that shapes macrophages’ pro-inflammatory characteristics. Material and Methods In the current study, the association between 43,066 autosomal Single Nucleic Polymorphism (SNPs) and the ability of MDMs in production of NO- in response to E. coli was evaluated in 58 Holstein cows. The positional candidate genes near significant SNPs were selected to perform functional analysis. In addition, the interaction between the positional candidate genes and differentially expressed genes from our previous study was investigated. Results Sixty SNPs on 22 chromosomes of the bovine genome were found to be significantly associated with NO- production of macrophages. The functional genomic analysis showed a significant interaction between positional candidate genes and mitochondria-related differentially expressed genes from the previous study. Further examination showed 7 SNPs located in the vicinity of genes with roles in response to hypoxia, shaping approximately 73% of the observed individual variation in NO- production by MDM. Regarding the normoxic condition of macrophage culture in this study, it was hypothesized that oxidative burst is responsible for causing hypoxia at the cellular level. Conclusion The results suggest that the genetic polymorphism via regulation of response to hypoxia is a candidate step that perhaps shapes macrophage functional characteristics in the pathway of phagocytosis leading to oxidative burst, hypoxia, cellular response to hypoxia and finally the pro-inflammatory responses. Since all cells in one individual carry the same alleles, the effect of genetic predisposition of sensitivity to hypoxia will likely be notable on the clinical outcome to a broad range of host-pathogen interactions.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».