Structural And Functional Characterization Of Ulvan Degrading Polysaccharide Lyase Enzymes
Notice bibliographique
Résumé
Ulvans are the sulfated cell wall polysaccharide present in marine green algae. Ulvan polysaccharides are composed mainly of 3‐sulfated rhamnose, glucuronic acid, iduronic acid and xylose. The sulfation pattern in ulvan resemble glycosaminoglycans in vertebrates. The structural features of ulvan make it a good candidate for variety of industrial applications in agriculture, food, pharmaceutical, chemical, and biomaterials industries. Identification of ulvan‐degrading microorganism and the corresponding enzymes will increase the potential application of this highly abundant naturally occurring polysaccharide. Bacterial microbiomes associated with the green algae contain enzymes to degrade ulvan by a lytic β‐elimination mechanism. Genome sequencing projects lead to the identification of many such ulvan degrading enzymes from several bacteria Nonlabens ulvanivorans, Pseudoalteromonas sp. strain PLSV, Alteromonas sp . strain LOR and LTR. Using X‐ray crystallography and enzyme activity assays, we solved the structure and biochemically characterized three ulvan lyases, PLSV3936 , LOR107 and NLR48 . All three enzymes share very low sequence identity and act differentially on substrate. Despite their low sequence identity, PLSV3936 and LOR107 share the same 7‐bladed β propeller fold. However, the complex structure with the bound tetrasaccharide substrate reveals the difference in the active site and mode of cleavage. Whereas, NLR48 has a β jelly roll scaffold. Complex structure of NLR48 with tetrasaccharide substrate suggest that NLR48 appears to utilize lysine and tyrosine as catalytic residues and the substrate acidic group is neutralized by a glutamine residue. Our results expand the information about ulvan degrading enzymes to potentiate the use of ulvan polysaccharide. Support or Funding Information The financial support was provided by a grant from the Natural Science and Engineering Research Council of Canada This abstract is from the Experimental Biology 2018 Meeting. There is no full text article associated with this abstract published in The FASEB Journal .
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».