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Enregistrement W3175546635 · doi:10.1101/2021.06.15.21258641

Sequencing of over 100,000 individuals identifies multiple genes and rare variants associated with Crohns disease susceptibility

2021· preprint· en· W3175546635 sur OpenAlexaff
Aleksejs Sazonovs, Christine Stevens, Guhan Venkataraman, Kai Yuan, Brandon E. Avila, María T. Abreu, Tariq Ahmad, Matthieu Allez, Ashwin N. Ananthakrishnan, Gil Atzmon, Aris Baras, Jeffrey C. Barrett, Nir Barzilai, Laurent Beaugerie, Ashley Beecham, Çharles N. Bernstein, Alain Bitton, Bernd Bokemeyer, Andrew Chan, Daniel C. Chung, Isabelle Cleynen, Jacques Cosnes, David J. Cutler, Allan Daly, Oriana M. Damas, Lisa W. Datta, Noor Dawany, Marcella Devoto, Sheila Dodge, Eva Ellinghaus, Laura Fachal, Martti Färkkilâ, William A. Faubion, Manuel A. R. Ferreira, Denis Franchimont, Stacey Gabriel, Michel Georges, Kyle Gettler, Mamta Giri, Benjamin Gläser, Siegfried Goerg, Philippe Goyette, Daniel B. Graham, Eija Hämäläinen, Talin Haritunians, Graham Heap, Mikko Hiltunen, Marc Hoeppner, Julie Horowitz, Peter M. Irving, Vivek Iyer, Chaim Jalas, Judith R. Kelsen, Hamed Khalili, Barbara S. Kirschner, Kimmo Kontula, Jukka Koskela, Subra Kugathasan, Juozas Kupčinskas, Christopher A Lamb, Matthias Laudes, Adam P. Levine, James D. Lewis, Claire Liefferinckx, Britt-Sabina Loescher, Édouard Louis, John Mansfield, Sandra May, Jacob L. McCauley, Emebet Mengesha, Myriam Mni, Paul Moayyedi, Christopher J. Moran, Rodney D. Newberry, Sirimon O’Charoen, David T. Okou, Bas Oldenburg, Harry Ostrer, Aarno Palotie, Joel Pekow, Inga Peter, Marieke Pierik, Cyriel Y. Ponsioen, Nikolas Pontikos, Natalie J. Prescott, Ann E. Pulver, Souad Rahmouni, Daniel L Rice, Päivi Saavalainen, Bruce E. Sands, R. Balfour Sartor, Elena Schiff, Stefan Schreiber, L. Philip Schuum, Anthony W. Segal, Philippe Seksik, Rasha Shawky, Shehzad Z. Sheikh, Mark S. Silverberg, Alison Simmons, Jurgita Skeiceviciene, Harry Sokol, Matthew Solomonson, Hari K. Somineni, Dylan Sun, Stephan Targan, Dan Turner, Holm H. Uhlig, Andrea E. van der Meulen‐de Jong, Séverine Vermeire, Sare Verstockt, Michiel Voskuil, Harland S. Winter, Justine Young, Richard H. Duerr, André Franke, Steven R. Brant, Judy H. Cho, Rinse K. Weersma, Miles Parkes, Ramnik J. Xavier, Manuel A. Rivas, John D. Rioux, Dermot McGovern, Hailiang Huang, Carl A. Anderson, Mark J. Daly

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueInflammatory Bowel Disease
Établissements canadiensMcMaster UniversityMontreal Heart InstituteMcGill University Health CentreMount Sinai HospitalUniversity of Manitoba
Organismes subventionnairesNational Institute of Mental HealthMedical Research CouncilNational Institutes of HealthNIHR Newcastle Biomedical Research CentreFonds De La Recherche Scientifique - FNRSInflammatory Bowel and Immunobiology Research InstituteNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesStanley Center for Psychiatric Research, Broad InstituteCedars-Sinai Medical CenterDeutsche ForschungsgemeinschaftLeona M. and Harry B. Helmsley Charitable TrustNational Institute for Health and Care ResearchEuropean Regional Development FundEuropean CommissionBroad InstituteNational Human Genome Research InstituteNIHR Oxford Biomedical Research CentreWellcome Trust
Mots-clésGenome-wide association studyBiologyGeneGeneticsGenetic associationDiseaseGenomeComputational biologyPopulationSingle-nucleotide polymorphismGenotypeMedicinePathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Genome-wide association studies (GWAS) have identified hundreds of loci associated with Crohns disease (CD), however, as with all complex diseases, deriving pathogenic mechanisms from these non-coding GWAS discoveries has been challenging. To complement GWAS and better define actionable biological targets, we analysed sequenced data from more than 30,000 CD patients and 80,000 population controls. We observe rare coding variants in established CD susceptibility genes as well as ten genes where coding variation directly implicates the gene in disease risk for the first time.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,074
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,248
Écart entre enseignants0,232 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations11
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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