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Enregistrement W3175668186 · doi:10.1096/fasebj.2019.33.1_supplement.774.7

Characterizing the Expression Pattern and Requirement of <i>Sf3b4</i> During Mouse Embryonic Development

2019· article· en· W3175668186 sur OpenAlexafffundabout
Shruti Kumar, Sabrina Alam, Wesley Chan, Marie‐Claude Beauchamp, Lodyie Jerome‐Majewska

Notice bibliographique

RevueThe FASEB Journal · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCell Adhesion Molecules Research
Établissements canadiensMcGill University Health CentreMcGill UniversityMcGill Genome Centre
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésHaploinsufficiencyBiologyLimb developmentEmbryonic stem cellPhenotypeMorpholinoLimb budExonGeneticsHypoplasiaCell biologyGeneGene knockdownAnatomy

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Nager Syndrome (NS) is a rare disorder that affects the face as well as the limb including both hands and feet. Patients with NS typically have malar and mandibular hypoplasia, cleft palate, as well as hearing problems. Limb defects include radial hypoplasia as well as thumb abnormalities. Using exome sequencing, NS was attributed to haploinsufficiency of the SF3B4 gene, an important component of the U2 subunit of the spliceosome complex. We hypothesized that Sf3b4 will show tissue‐specific expression during development and that mice with heterozygous mutation in this gene will model NS. To create heterozygous Sf3b4 mutant mice, we used CRISPR/Cas9 to target loxP sequences in intronic regions flanking exon 2 and 3 of the Sf3b4 gene. We will breed loxP founders with Wnt‐1 Cre transgenic mice, and report the resulting phenotypes. Additionally, whole mount in situ hybridization was used to examine expression of Sf3b4 during embryonic development of wild type mouse. We found that Sf3b4 shows ubiquitous expression at early stages of development. In midgestation embryos, although still globally expressed, Sf3b4 expression becomes stronger in the maxillomandibular region, limbs and tail bud. Our research will elucidate the expression of Sf3b4 in embryonic tissues affected in NS patients and generate a mouse model that will be used to further characterize the molecular basis of this syndrome. As there are currently no mouse models or therapy available for NS our work will help to identify some of the targets of Sf3b4 and pave the path for the creation of new therapies for spliceosomal disorders. Support or Funding Information Canadian Institutes of Health Research This abstract is from the Experimental Biology 2019 Meeting. There is no full text article associated with this abstract published in The FASEB Journal .

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,024
Tête enseignante GPT0,272
Écart entre enseignants0,247 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2019
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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