Functionally Important Conformational Sub‐States in Human Ribonuclease Family
Notice bibliographique
Résumé
Eight members of the human pancreatic ribonuclease (RNase) family have diverse biological functions including angiogenesis and host defense (cytotoxic and anti‐pathogen activities) but share common structural scaffold and catalyze the hydrolysis of ribonucleic acid (RNA). However, the catalytic efficiency and rate of dynamics among these enzymes differ by more than a million (10 6 ) folds. Emerging evidence from other enzyme systems propose that internal motions drive the sampling of short‐lived minor population of conformations (called as sub‐states ) that can contain features to promote various steps during the function of an enzyme. Therefore, quantitatively characterizing the conformational sub‐states in the catalytic cycle of enzymes, including substrate binding, structural rearrangements leading to the transition state, product formation and product release will enable us to obtain detailed insights in the role of enzyme dynamics in catalysis by RNases. We have used a combination of theoretical modeling, computer simulations, steady state kinetics and NMR experiments. Our studies indicate that RNases superfamily can be classified into sub‐families with designated biological functions and conserved dynamical behavior. Further, computer simulations show diverse binding preferences across the human RNase family and the conformational sub‐states in various steps of the catalytic cycle differ among the members belonging to each of the sub‐family. Moreover, we observe a ~10 6 fold difference in the catalytic rates of the human RNases. Additionally, we are using hybrid QM/MM method to model the catalysis of the single stranded RNA that would enable us to identify the distinct conformational sub‐states sampled by each of the members of human RNase family in their respective minimum energy reaction pathway. Results show interesting differences in the conformational sub‐states in the members of human RNases family. This abstract is from the Experimental Biology 2019 Meeting. There is no full text article associated with this abstract published in The FASEB Journal .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».