Characterization of caspase-7 interaction with RNA
Notice bibliographique
Résumé
Apoptosis is a regulated form of cell death essential to the removal of unwanted cells. At its core, a family of cysteine peptidases named caspases cleave key proteins allowing cell death to occur. To do so, each caspase catalytic pocket recognizes preferred amino acid sequences resulting in proteolysis, but some also use exosites to select and cleave important proteins efficaciously. Such exosites have been found in a few caspases, notably caspase-7 that has a lysine patch (K38KKK) that binds RNA, which acts as a bridge to RNA-binding proteins favoring proximity between the peptidase and its substrates resulting in swifter cleavage. Although caspase-7 interaction with RNA has been identified, in-depth characterization of this interaction is lacking. In this study, using in vitro cleavage assays, we determine that RNA concentration and length affect the cleavage of RNA-binding proteins. Additionally, using binding assays and RNA sequencing, we found that caspase-7 binds RNA molecules regardless of their type, sequence, or structure. Moreover, we demonstrate that the N-terminal peptide of caspase-7 reduces the affinity of the peptidase for RNA, which translates into slower cleavages of RNA-binding proteins. Finally, employing engineered heterodimers, we show that a caspase-7 dimer can use both exosites simultaneously to increase its affinity to RNA because a heterodimer with only one exosite has reduced affinity for RNA and cleavage efficacy. These findings shed light on a mechanism that furthers substrate recognition by caspases and provides potential insight into its regulation during apoptosis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».