Genetic variation in the vitamin D receptor (VDR) and the plasma proteome
Notice bibliographique
Résumé
Vitamin D deficiency has been linked to numerous diseases. 1,25(OH) 2 D, the active vitamin D form, binds to the nuclear vitamin D receptor (VDR) and affects target gene expression in multiple pathways. However, it is not known if genetic variants in VDR affect plasma protein levels. The objective was to explore associations between VDR variants and 54 plasma proteins belonging to disease‐associated pathways in healthy young adults (n=488). 16 genetic variants across VDR were extracted from genome‐wide data available for the study cohort. Protein concentrations were measured by a multiple reaction monitoring HPLC‐MS/MS assay. Associations between proteins and variants were explored by linear regression with an additive inheritance mode. We found 32 significant associations. The strongest association ( p =5.06×10 −5 ) was observed between rs2283342 and inter‐α‐trypsin inhibitor HC (IT) ( r 2 =0.03, β= −0.03±0.01), a serine protease inhibitor involved in inflammation. We then examined whether serum 25(OH)D, a marker of vitamin D status, affected any associations. 25(OH)D modified the association between rs2283342 and IT, as well as associations between rs2228570 ( Fok1 ) and several apolipoproteins. These results suggest a role for vitamin D in disease associated pathways such as inflammation and lipid metabolism. Research support from the Advanced Foods and Materials Network. Grant Funding Source : Advanced Foods and Materials Network
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».