Phenotype and genotype comparison of C57BL/6N substrains contributing to the International Mouse Phenotyping Consortium (IMPC)
Notice bibliographique
Résumé
The International Mouse Phenotyping Consortium (IMPC) is a 10‐ year program to produce a null mutant mouse line for every gene in the mouse genome, generate comprehensive phenotype data for each, and provide all the resources to the scientific community. The chosen mouse strain is the C57BL/6N, however there are several substrains of this mouse including C57BL/6NCrl (NCrl), C57BL/6NTac (NTac), and C57BL/6NJ (NJ). A C57BL/6Nderived embryonic stem (ES) cell line (JM8) was used to create the gene‐targeted clones. Given the scope of the IMPC project, it is important to catalog phenotype and genotype similarities or differences between the C57BL/6N substrains and ES cells used by the various IMPC centers. Here we describe results from genotype analyses using the Affymetrix Mouse Diversity Genotyping array to compare single‐nucleotide polymorphisms (SNP) between NCrl and NTac mice, and JM8 and C2 ES cell lines. In addition, whole genome sequencing (WGS) was carried out on NCrl, NTac, NJ, and JM8 genomic DNA. Phenotype analyses using the IMPC pipeline was conducted on NCrl and NTac mice at two separate locations; The Toronto Centre for Phenogenomics (TCP) and the Institut Clinique de la Souris (ICS). Substrain differences in certain traits were detected and the number of differences was strongly influenced by the rearing environment of the cohort, with fewer differences between NCrl and NTac cohorts derived from animals born and raised within the same institution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».