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Enregistrement W3176209097 · doi:10.1101/2021.06.28.450248

Phenotypic and genetic associations of quantitative magnetic susceptibility in UK Biobank brain imaging

2021· preprint· en· W3176209097 sur OpenAlexaff
Chaoyue Wang, Aurea B. Martins-Bach, Fidel Alfaro‐Almagro, Gwenaëlle Douaud, Johannes Klein, Alberto Llera, Cristiana Fiscone, Richard Bowtell, Lloyd T. Elliott, Stephen M. Smith, Benjamin C. Tendler, Karla L. Miller

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAdvanced MRI Techniques and Applications
Établissements canadiensSimon Fraser University
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilFederal Aviation AdministrationChina Scholarship CouncilWellcome Trust
Mots-clésBiobankQuantitative susceptibility mappingGenetic predispositionPhenotypeGenetic epidemiologyEpidemiologyMagnetic resonance imagingMedicineBiologyNeuroscienceDiseaseBioinformaticsGeneticsPathologyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract A key aim in epidemiological neuroscience is identification of markers to assess brain health and monitor therapeutic interventions. Quantitative susceptibility mapping (QSM) is an emerging MRI technique that measures tissue magnetic susceptibility and has been shown to detect pathological changes in tissue iron, myelin and calcification. We developed a QSM processing pipeline to estimate magnetic susceptibility of multiple brain structures in 35,885 subjects from the UK Biobank prospective epidemiological study. We identified phenotypic associations of magnetic susceptibility that include body iron, disease, diet, and alcohol consumption. Genome-wide associations related magnetic susceptibility to genetic variants with biological functions involving iron, calcium, myelin, and extracellular matrix. These patterns of associations include relationships that are unique to QSM, in particular being complementary to T2* measures. These new imaging phenotypes are being integrated into the core UK Biobank measures provided to researchers world-wide, creating potential to discover novel, non-invasive markers of brain health.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,013
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,034
Score d'incertitude au seuil0,067

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,013
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,288
Écart entre enseignants0,268 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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