Gene-gene Interaction of AhR With and Within the Wnt Cascade Affects Susceptibility to Lung Cancer
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Introduction: Aberrant Wnt signalling, regulating cell development and stemness, is observed in many cancer entities. Aryl hydrocarbon receptor (AhR) mediates tumorigenesis of environmental pollutants. Complex interaction patterns of genes assigned to AhR/Wnt-signalling were recently associated to lung cancer susceptibility. Aim: To assess the association and predictive ability of AhR/Wnt-genes with lung cancer in cases and controls of European descent. Methods: Odds ratios (OR) were estimated for genomic variants assigned to the genes DKK2, DKK3, DKK4, FRZB, SFRP4 and Axin2 and other lung cancer-related genes. Logistic regression models with variable selection were trained, validated and tested to predict lung cancer. Further, decision trees were created to investigate variant x variant interaction. All analyses were performed for overall lung cancer and for subgroups. Results: No association with overall lung cancer was observed, but within the subgroups of ever smokers (e.g. maker rs2722278 SFRP4; OR=1.20; 95%-CI: 1.13-1.27; p=5.6 10-10) and never smokers. Although predictability is poor, AhR/Wnt-variants are unexpected overrepresented in optimized prediction scores for overall lung cancer and for small cell lung cancer. Remarkable, the score for never-smokers contained solely two AhR/Wnt-variants. The optimal decision tree for never smokers consists of 7 AhR/Wnt-variants and only two lung cancer variants, no assigned to any CHRN gene. Conclusions: The role of variants belonging to Wnt/AhR-pathways in lung cancer susceptibility may be underrated in main-effects association analysis. Complex interaction patterns in individuals of European descent have moderate predictive capacity for lung cancer or subgroups thereof, especially in never smokers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».