Invasive mould disease in fatal COVID-19: a systematic review of autopsies
Notice bibliographique
Résumé
Invasive mould disease (IMD) might affect up to a third of critically ill patients with COVID-19. COVID-19-associated pulmonary aspergillosis (CAPA) is typically diagnosed on the basis of a combination of non-specific clinical, radiographical, and mycological findings, but whether most cases represent invasive disease is unresolved. We systematically reviewed autopsy series of three or more decedents with COVID-19 for evidence of IMD. We searched PubMed, Web of Science, OVID (Embase), and medRxiv for studies in English or French published from Jan 1, 2019, to Sept 26, 2020. We identified 1070 references, of which 50 studies met the criteria. These studies described autopsies from 677 decedents, with individual-level data for 443 decedents. The median age was 70·0 years (IQR 57·0-79·0). Of decedents with individual-level data, 133 (30%) had diabetes, 97 (22%) had pre-existing lung disease, and 27 (6%) had immunocompromising conditions. Of 548 decedents with such data, 320 (58%) received invasive mechanical ventilation; among 140 decedents for whom this was known, ventilation was for a median of 9·0 days (IQR 5·0-20·0). Treatment included immunomodulation in 60 decedents and antifungals in 50 decedents. Autopsy-proven IMD occurred in 11 (2%) of 677 decedents, including eight CAPA, two unspecified IMD, and one disseminated mucormycosis. Among 320 decedents who received mechanical ventilation, six (2%) had IMD. We conclude that IMD, including CAPA, is an uncommon autopsy finding in COVID-19.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,023 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,005 | 0,005 |
| Bibliométrie | 0,014 | 0,015 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».