SARS-CoV-2 ENA submission workflow + guidance for structuring and releasing metadata v1
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE: This workflow provides an overview on the metadata specification recommended for SARS-CoV-2 sequence data and a series of protocols outlining the steps for ENA submission. PHA4GE Contextual Metadata SOP This protocol provides step-by-step instructions for populating the template, and also addresses a number of ethical, privacy and practical considerations that should be discussed with your data steward prior to any type of data sharing. The appendices provide additional instructions and examples of how to curate sample type descriptions, and how to identify additional standardized terms should you need them. SOP for populating EBI submission templates (ENA) Guidance for populating the ENA metadata template using PHA4GE fields and terms. SARS-CoV-2 EBI submission protocol: ENA, BioSample, and BioProject Step-by-step instructions for establishing a new EBI (Webin) submission account and for creating and linking a new BioProject to an existing umbrella effort. SARS-CoV-2 raw data submission to ENA (European Nucleotide Archive) and metadata to BioSample. SARS-CoV2 EBI assembly submission protocol Required: established BioProject and BioSamples Submit SARS-CoV-2 assemblies (consensus sequences) to ENA linking to existing BioProject, BioSamples, and raw data.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,031 | 0,064 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,011 | 0,007 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,009 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,194 | 0,366 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».