Enhancement of Lipid Signal in MALDI MS imaging obtained from Formalin Fixed Human Brain Tissue
Notice bibliographique
Résumé
Matrix assisted laser desorption ionization (MALDI) imaging mass spectrometry (IMS) is used to perform mass spectrometric analysis directly on biological samples providing accurate visual/anatomical spatial information of molecules within the tissue. A current limitation of MALDI‐IMS is that it is largely performed on fresh frozen tissue whereas clinical tissue samples stored long term are fixed in formalin. It has been shown that fresh frozen tissue sections applied with an ammonium formate (AF) wash prior to matrix application in the MALDI‐IMS procedure display an increase in observed signal intensity and sensitivity for lipid molecules detected in the brain while maintaining the special distribution of molecules throughout the tissue. In this work we investigate the effectiveness of this AF wash on post‐fixed rat and human brain tissue sections in an effort to increase the viability of formalin fixed tissue imaging in a clinical setting. Results herein demonstrate that the AF wash significantly improved MALDI‐IMS spectra for gangliosides, including GM1 in fresh frozen rat brain, formalin‐fixed rat brain and formalin fixed human brain samples. AF wash also demonstrated improvements in MALDI‐IMS image quality while retaining the spatial distribution of molecules. Results indicate that this method will allow analysis of gangliosides from formalin‐fixed clinical samples, which can open additional avenues for neurodegenerative disease research. This abstract is from the Experimental Biology 2019 Meeting. There is no full text article associated with this abstract published in The FASEB Journal .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».