Functional and structural analysis of transmembrane segment IV of Na+/H+ exchanger of Schizosaccharomyces pombe
Notice bibliographique
Résumé
Sod2 is the plasma membrane Na + /H + exchanger of fission yeast S. pombe. It plays an important role in providing salt tolerance to S. pombe by removing excess intracellular sodium (or lithium) in exchange for protons. We examined the role of amino acids residues of TMIV ( 126 FQINFLGSLLIAGCITSTDPVLSALI 152 ) in activity of this protein using alanine scanning mutagenesis, and examining LiCl or NaCl tolerance in Sod2‐deficient S. pombe . We identified two amino acids, T144 and V147, critical for the function of Sod2. The mutations T144A and V147A resulted in a defective sod2 protein that did not confer salt tolerance when reintroduced into to S. pombe . Sod2 protein with other mutations in TMIV, exported either sodium or lithium as efficiently as the wild type Sod2 or had intermediate effects on salt tolerance of S. pombe . When we mutated T144 to aspartic acid, lysine or serine, the mutant proteins were impaired in their ability to allow growth in both lithium and sodium containing media, comparable to the knock out sod2 yeast (sod2::ura4). Western blot analysis showed that mutants T144A and V147A were expressed at comparable levels as the wild type sod2. To determine the structure of TMIV, we expressed and purified TMIV as a fusion protein with maltose binding protein. The TMIV peptide was released by cleaving the fusion protein with tobacco etch virus and re‐purified by HPLC. The structure is being determined by NMR. Supported by Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».