A Genome‐Wide CRISPR‐Cas9 Screen Identifies Importin‐β11 as a Required Factor for β‐catenin Signaling in Colon Cancer
Notice bibliographique
Résumé
Over 25000 Canadians were diagnosed with colorectal cancer last year. The majority of colorectal adenocarcinomas (CRC) have a mutation in APC (adenomatous polyposis coli), a key component of the Wnt signaling pathway. In the absence of Wnt, APC is part of a protein complex that marks the Wnt signaling effector, β‐catenin, for ubiquitin‐mediated proteolysis. In the presence of Wnt ligands, β‐catenin escapes degradation, accumulates in the nucleus and regulates context‐dependent transcriptional programs regulating stem cell renewal, proliferation and differentiation. Inactivating APC mutations lead to hyperactive Wnt‐ β‐catenin signaling, driving tumor initiation and growth. Our objective was to identify novel regulators of the β‐catenin signaling pathway downstream of APC mutation in the context of colon cancer. We have developed a positive‐selection genetic screen to identify genes required for Wnt‐ β‐catenin signal transduction. This system leverages the DLD‐1 colon cancer cell line, which contains an inactivating APC mutation and therefore has high constitutive Wnt signaling, and an inducible synthetic reporter gene system that leads to apoptotic cell death when the Wnt‐ β‐catenin signaling pathway is activated. This reporter consists of β‐catenin‐ responsive LEF‐TCF elements driving the expression of an inducible version of Caspase9, a member of the intrinsic apoptotic cascade. To identify genes required for β‐catenin signaling in these cells, a CRISPR‐Cas9 functional screen was performed. This genome‐wide screen applies the TKO sgRNA lentiviral library that contains over 90000 unique sgRNAs that target over 17500 human genes. Upon induction of Caspase9 activity, only cells harbouring loss‐of‐function within genes essential for Wnt‐ β‐catenin signaling are able to grow. The sgRNA conferring growth‐rescue were amplified from genomic DNA and identified using next generation sequencing. The top genes enriched in the resistant cell population included known members of the Wnt‐ β‐catenin signaling pathway as well as a gene, which has no previous link to the Wnt signaling pathway, IPO11 . Knockout of IPO11 confirmed its requirement for Wnt‐ β‐catenin signal transduction by luciferase assay and qPCR of β‐catenin target genes. IPO11 encodes for a nuclear import protein, importin‐ β11, which transports cargo into the nucleus. Knockout of IPO11 reduces β‐catenin nuclear localization. Importin‐ β11 associates with β‐catenin in cells, and this interaction is competed by dominant‐negative Ran mutant (Q69L). Knock‐out of IPO11 reduces proliferation of patient‐ derived, colorectal cancer cells, three‐dimensional organoid model, which mimics the physiological conditions required for cancer stem cell maintenance. This abstract is from the Experimental Biology 2018 Meeting. There is no full text article associated with this abstract published in The FASEB Journal .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».