Two domains of the smoothelin‐like 1 protein bind apo‐and calcium‐calmodulin independently
Notice bibliographique
Résumé
The smoothelin‐like 1 protein (SMTNL1; also known as calponin homology (CH) domain‐associated smooth muscle, CHASM) is a modulator of vascular smooth muscle contractility and can bind to calmodulin (CaM) and tropomyosin. The intracellular calcium receptor CaM switches between calcium‐free (apo‐CaM) and calcium‐bound (Ca‐CaM) forms. Bioinformatic analysis of the SMTNL1 sequence predicted two CaM‐binding regions: CBD1, N‐terminal to the CH domain and CBD2, a previously described IQ motif within the CH domain. We sought to describe the contribution of SMTNL1's two CBDs to CaM binding in the presence or absence of calcium. Using a variety of assays (biochemical pull‐downs, surface plasmon resonance, NMR and intracellular co‐localization by microscopy), we determined that CBD1 binds preferentially to Ca‐CaM while CBD2 binds preferentially to apo‐CaM. Mutation of key acidic residues abolished apo‐CaM binding to CBD2, while hydrophobic residues in CBD1 were required for Ca‐CaM binding. The binding affinities (~4 ×10 −6 M) were similar for both. The association of SMTNL1 with apo‐CaM and Ca‐CaM suggest that endogenous SMTNL1 is always associated with CaM. This lead us to the conclusion that changes in the CaM binding to CBD1 or CBD2 may allow for downsteam effects, such as disruption of SMTNL1 binding to tropomyosin.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».