Genetically increased circulating FUT3 level leads to reduced risk of idiopathic pulmonary fibrosis: a Mendelian randomisation study
Notice bibliographique
Résumé
Background Idiopathic pulmonary fibrosis (IPF) is a progressive, fatal fibrotic interstitial lung disease. Few circulating biomarkers have been identified to have causal effects on IPF. Methods To identify candidate IPF-influencing circulating proteins, we undertook an efficient screen of circulating proteins by applying a two-sample Mendelian randomisation (MR) approach with existing publicly available data. For instruments, we used genetic determinants of circulating proteins which residecisto the encoded gene (cis-single nucleotide polymorphisms (SNPs)), identified by two genome-wide association studies (GWASs) in European individuals (3301 and 3200 subjects). We then applied MR methods to test if the levels of these circulating proteins influenced IPF susceptibility in the largest IPF GWAS (2668 cases and 8591 controls). We validated the MR results using colocalisation analyses to ensure that both the circulating proteins and IPF shared a common genetic signal. Results MR analyses of 834 proteins found that a 1 sdincrease in circulating galactoside 3(4)-l-fucosyltransferase (FUT3) and α-(1,3)-fucosyltransferase 5 (FUT5) was associated with a reduced risk of IPF (OR 0.81, 95% CI 0.74–0.88; p=6.3×10−7and OR 0.76, 95% CI 0.68–0.86; p=1.1×10−5, respectively). Sensitivity analyses including multiplecis-SNPs provided similar estimates both for FUT3 (inverse variance weighted (IVW) OR 0.84, 95% CI 0.78–0.91; p=9.8×10−6and MR-Egger OR 0.69, 95% CI 0.50–0.97; p=0.03) and FUT5 (IVW OR 0.84, 95% CI 0.77–0.92; p=1.4×10−4and MR-Egger OR 0.59, 95% CI 0.38–0.90; p=0.01). FUT3 and FUT5 signals colocalised with IPF signals, with posterior probabilities of a shared genetic signal of 99.9% and 97.7%, respectively. Further transcriptomic investigations supported the protective effects ofFUT3for IPF. Conclusions An efficient MR scan of 834 circulating proteins provided evidence that genetically increased circulating FUT3 level is associated with reduced risk of IPF.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,008 | 0,015 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».